根据上述职责，台湾农民创业园管委会设5个内设机构：

（一）办公室

负责政务和有关事务的综合协调工作；负责文电、会务、机要、后勤保障、车辆管理和财务等机关日常运转工作；负责制定工作制度、工作计划并负责监督检查；承担综合性文稿、政策研究、信息、保密、信访、政务公开、文明创建、效能建设等工作；负责人大、政协提(议)案办理和统战外事、稳定等工作；负责园区内发生的重大事件和紧急情况的上传下达；负责园区机构编制、人事管理工作；负责园区人力资源管理工作，建立人才信息储备库，全面掌握园区内企业用工需求情况，协助企业招收员工，组织协调岗前技能培训工作，监督企业按照劳动合同法要求规范用工；负责国有资产和集体资产监管工作。

（二）国土规划建设办公室

组织编制园区各项规划，包括园区总体规划、土地利用规划、产业发展规划、建设规划以及环境保护方案等，负责园区耕地资源和生态环境保护工作的管理，依法对项目用地进行监管，防止乱占耕地、破坏环境，保护创业园合作双方农民的合法权益。负责园区各项基础设施和公共设施建设与市容市貌管理；负责园区内工程建设和建筑市场的管理及控违拆迁安置工作，审核设计施工单位和房地产开发企业资质，管理和指导建设工程招投标、质量监督、工程监理和安全生产工作，核发《建设项目选址意见书》、《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》、《建设工程施工许可证》；负责园区内土地的统一开发，土地使用权出让的前期各项工作，落户企业等建设项目的协调工作；负责编报园区环境保护规划，协助有关部门审核或审批园区内项目的环保设施和工程，核发《环保施工许可证》、《环保设施验收证》、《排放污染物许可证》；负责园区内房屋产权、产籍以及房地产市场管理，核发《房地产所有权证》等证书。

（三）产业发展办公室（招商分局）

负责组织制定和实施园区的产业政策、产业发展总体规划及利用外资计划。负责园区现代农业科技示范、推广工作，组织建设农业科技或推广示范基地以及园区科技项目申报与管理工作。负责园区食品安全、商贸（外经贸）流通工作，加强农产品市场开发建设，鼓励企业加强产品开发创新和质量管理。负责园区对外项目和技术的引进、示范和推广以及园区经济统计分析与市场监测等工作，指导园区农村合作经济组织建设，完善农村基本经营制度、政策。研究两岸农业资源、市场、技术，农业科技合作的方向和重点，引进新品种、新技术、新农药、新肥料、新机具和先进管理经验及产业经营模式，编制推广计划、方案并组织实施；组织农业技术培训，提高劳动者素质，为落户企业提供劳动力资源保障，注重引进新技术的消化、吸收和创新，促进外来技术本土化；积极为企业和农户生产的产前、产中、产后提供服务；负责园内农产品市场的开发建设，促进农产品销售流通；负责协调生态农业观光旅游产业的引进、开发，促进园区向都市型休闲观光农业发展。负责园区宣传推介，积极拓展招商引资渠道，做好重点项目推荐、包装和储备。

（四）社会事务办公室（人口和计划生育办公室）

负责编制园区社会事业发展中长期规划及年度计划，并组织实施；负责协调和管理园区的文化、教育、科技、卫生、体育、广播、电视等社会事业；负责园区内行政村的日常管理以及水利兴修、防汛抗旱、社会救济、社会福利、优抚安置工作；负责建立和完善社会保障体系等工作；制定和实施人口和计划生育年度计划及工作细则，负责辖区内流动人口的计划生育管理与服务。

（五）财政分局

负责园区财税和财政预决算工作，管理和监督各项财政收支，调度财政资金；负责园区融资工作；贯彻执行财务和会计规章制度；实施国有资产管理；负责金融、保险等部门的协调工作。