鉴亭书院

光绪时期

清光绪二十九年（1903年）废科举、办学堂，鉴亭书院改为初等小学堂。

民国时期

民国三年，学校更名为“潼南县高等小学校”。

民国十三年（1924年），县教育会云议倡设初级中学，县知事范志文聘任杨鼎新为筹备主任，是年9月，正式开办，定名“潼南县初级中学校”，校址设在鉴亭书院（原高等小学堂迁移镇内），当年招收新生100人。

民国十四年（1925年），获省教厅立案。

民国三十四年（1945年），学校开始增设高中班。

合并时期

1950年4月，潼南县立女中和私立潼光中学并入潼南中学。1951年10月，学校恢复校长负责制。

潼南中学

1953年，四川省教育厅批准定名为四川省潼南中学。

至“文革”初期止，潼南中学初中毕业共51个班，约2500人；高中毕业35个班，约1700人。高中升大学比例为50%左右。

1966年6月，“文革”开始。

1970年1月，潼南中学“革委会”成立；6月，潼南中学开始复课。

1973年10月22日，学校出版校报《学习生活》。

1978年12月，党的十一届三中全会召开。此时，中国教育工会潼南中学工会得以恢复。

1982年2月，学校被四川省人民政府命名为重点中学。

重庆成为直辖市后，学校于1998年更名为重庆市潼南中学校。

1999年，重庆市人民政府确认潼南中学为重庆直辖市首批重点中学。

2000年10月，潼南师范学校合并入潼南中学。

2009年，潼南县政府收购原私立翰林中学，并于2010年2月交付潼南中学使用，成立“潼南中学江北校区”。

2016年，潼南中学校被命名为重庆市艺术特色学校。2016年7月11日，以潼南中学校江北校区为校址，设初中部、高中部，成立“重庆市潼南第二中学校”。潼南中学校保留老校区，不设初中部，只办高中。

2024年7月，加入中西部县域中学拔尖创新人才培养联盟。