重庆市交通行政执法总队内设综合处、政治处、法制处、执法处、装备财务处、科技信息处、指挥中心7个处室，下设直属支队、高速公路第一支队、高速公路第二支队、高速公路第三支队、高速公路第四支队、高速公路第五支队6个支队。

综合处职责：

负责重要文件和综合性材料的起草工作；负责文秘、政务信息、机要、保密、信访、档案、督办、议提案办理工作；负责对外宣传工作；负责机关后勤服务工作；承办上级交办的其他工作。

政治处职责：

负责总队党的组织建设、党员发展、教育、管理及党内统计工作；负责所属单位班子建设、思想作风建设和领导干部考察、考核、管理工作；负责人事、劳动工资、职工教育培训、机构编制和退休人员服务管理工作；负责内部宣传工作和精神文明建设工作；负责纪检、监察和行风建设工作；负责工、青、妇工作；牵头负责职工医疗保险工作；牵头对所属单位的综合目标考核工作；承办上级交办的其他工作。

法制处职责：

协助办理涉及总队的立法调研工作，组织研究总队法制工作规范及管理制度；负责法制研究，提供法制咨询；负责法制培训，执法证件管理工作；组织开展执法监督、执法责任制有关工作；协助办理行政复议、行政诉讼有关工作；组织开展总队督察工作；牵头负责远郊区县综合执法工作；承办上级交办的其他工作。

执法处职责：

负责总队执法业务的组织、指导和协调；研究制订总队执法工作的业务规范和管理制度；统筹组织、指挥协调全市范围交通专项整治和重大执法活动及跨区域执法工作；负责与各行业局和相关市级职能部门的业务协调和衔接；承办上级交办的其他工作。

装备财务处职责：

认真贯彻执行党和国家各项财经政策和财务制度，统筹管理全队财务工作；按照国家预算财会制度的规定，认真编制并严格执行年度预算和综合财务计划；按照国家有关审计制度，加强内部审计制度建设，做好内部单位审计工作；严格执行《会计档案管理办法》，会计档案的立卷、归档、保管、查阅和销毁，必须按规定程序进行；负责交通行政事业性收费和罚没收入、票据管理；办理职工住房公积金的有关业务；承办上级交办的其他工作。

科技信息处职责：

负责制定有关科技和信息化建设的有关制度和规定；负责信息化建设的规划、开发和运用工作；负责总队信息技术设备的管理和维护；负责科技信息技术业务工作，对远郊区县科技信息工作进行业务指导；负责科技人员和信息技术管理人员的培训工作；负责科技和信息化建设项目的立项申报和实施工作；承办上级交办的其他工作。

指挥中心职责：

负责日常接处警、信息传递以及交通执法相关信息的汇总、整合、统计、分析、处理，并及时下达指挥调度指令；负责突发事件的应急处置和实时监控、观测、跟踪，负责协调应急救助、救援力量和召集指挥视频会议；负责相关部门信息汇总和数据共享；负责道路情况实时监控和违法行为监控取证；负责执法工作即时信息的监督管理；负责特殊警卫任务、特殊要求执法活动的组织和实时调度；负责接受咨询、发布信息和宣传政策法规；完成上级交办的其他工作。