2001年8月，重庆正大软件专修学院成立。

2002年3月，学院承债式整体并购原巴南区南泉职业中学，并迁校至巴南区南泉镇白鹤林16号。

2003年4月，经重庆市人民政府批准，撤消“重庆正大软件专修学院”，成立“重庆正大软件职业技术学院”。同年，被教育部和信息产业部确定为全国试办示范性软件职业技术学院、计算机应用与软件技术专业领域技能型紧缺人才培养培训工作基地。

2004年3月，学院征地28·97亩，一期扩建工程动工，修建与之相配套的教学楼、实验楼、学生公寓及学生食堂，并于当年投入使用。同年，先后与北京师范大学、陕西师范大学签订联合举办网络本科教育协议。

2005年5月，学院与电子科技大学签订协议，在学院开展软件工程硕士教育。

2006年，学院产教结合实训基地建成。

2008年；重庆市教委正式将正大软件学院列为重庆市单独招生高校。同年，学院2期263亩扩建用地获得重庆市政府批准，学院产业实训大楼的落成。

2011年，学院被教育部批准成为全国物联网技术应用专业人才实训基地和全国信息化专业人才实训基地。

2014年5月，教育部正式批准重庆正大软件职业技术学院升格为普通本科院校，更名为重庆工程学院，首批招生本科专业为：软件工程、网络工程、物联网工程、数字媒体艺术、市场营销。

2016年2月，教育部批准学校在重庆市双桥经济技术开发区通桥街道西湖大道76号增加一处办学地址，即双桥校区。

2019年起，学校新增数据科学与大数据技术、机器人工程、人力资源管理三个本科专业，同时停招所有专科专业。

2024年11月，重庆工程学院智能建造及建筑新材料产业学院成立。