1935年10月，四川省立工学院并入重庆大学，重庆大学始建工学院，下设采冶系、电机和土木系。

1941年春，土木系分成土木系和建筑系。

1952年10月，院系调整成立西南工业专科学校、重庆大学土木建筑系、川北大学、川南工业专科学校、成都艺术专科学校、西南交通专科学校，组建重庆土木建筑学院土木系。

1953年9月，云南大学、贵州大学土木系调整来院。

1954年5月，学院更名重庆建筑工程学院，设置营建系（1954）、土木系（1960）、建筑工程系（1985）。

1994年4月，学院更名为重庆建筑大学建筑工程学院。

2000年5月，原重庆大学建筑工程专业、原重庆建筑大学建筑工程学院、建筑安装系、测绘学科以及原重庆建筑高等专科学校建工系合并组建成立新的重庆大学土木工程学院。

2019年5月，建筑环境与能源应用工程专业与供热、供燃气通风及空调工程学科加入组建新的土木工程学院。

2021年9月，学院获全国教材建设先进集体称号。