1999年8月，浙江省人民政府发文批准组建杭州商学院国际经贸学院，为杭州商学院的二级学院，按民办机制办学，具有独立法人资格，实行相对独立办学，财务独立核算。

2004年5月，教育部同意杭州商学院更名为浙江工商大学，该院因此更名为浙江工商大学国际经贸学院；同年12月，根据《教育部关于对浙江省普通高等学校举办的独立学院予以确认的通知》发文，浙江工商大学国际经贸学院被教育部正式确认为独立学院，并更名为浙江工商大学杭州商学院。

2008年，浙江工商大学杭州商学院首届颁发独立文凭。

2011年8月，浙江工商大学、桐庐县人民政府合作共建浙江工商大学杭州商学院正式签约，学校迁建杭州桐庐县。

2014年，学校正式迁建桐庐。

2018年，通过浙江省独立学院规范设置省级验收。

2022年12月9日，长三角新商科教育联盟成立，浙江工商大学杭州商学院加入联盟。

2024年12月17日，浙江工商大学杭州商学院cma教育中心揭牌成立。

2025年4月24日，浙江工商大学杭州商学院与浙江金拱门食品有限公司举行校企合作签约仪式暨实习就业基地揭牌仪式。