环境科学与工程学院由原食品、生物与环境工程学院所属的环境工程系和浙江省工业环保设计研究院合并于2007年成立的学科性学院，是我校具有鲜明工科特色和较强学科优势的学院。学院于2000年开始招收环境工程专业本科学生，2001年开始合作培养硕士研究生，2005年获环境工程硕士学位授予权，2007年设置环境科学本科专业，2008年设置给水排水工程本科专业，2010年获工程硕士专业学位点（环境工程领域）、项目管理工程硕士点(环境方向，与工商管理学院联合培养)，2011年取得环境科学与工程一级硕士学位点，2012年环境科学与工程一级学科获批为浙江省重点学科，2012年设置海洋技术专业（近海环境保护与管理方向）。

学院现有环境科学与工程、市政工程、海洋技术3个专业系，设有资源与环境研究所、环境功能材料与友好过程技术研究所、环境等离子体研究所3个校级研究机构，拥有浙江省固体废物处置与资源化重点实验室、浙江省高等学校教学团队和浙江省高等学校创新团队各1个；拥有城市水资源开发利用（北方）国家工程研究中心浙江研究与开发基地以及浙江省工业环保设计研究院（浙江工商大学）等数个学生教学、科研基地。

近年来学院累计投入各类建设资金2400多万元，建成面积达4500m、使用面积3400m、教学科研仪器设备总值约2500万元（单台价格超10万元大型仪器设备约50台）的环境科学与工程实验教学中心，中心下设水污染控制工程、大气污染控制工程、固体废物处置工程、环境安全与仿真、资源回收利用、环境监测、环境化学和环境生物技术等多个实验室，教学和科研条件已达到省内先进水平，2010年即获批为浙江省实验教学示范中心建设点。