民国二年（1913年），浙江公立医药专门学校药科成立。

民国三十二年（1943年），有识之士呼吁应加速培养中国的药学人才，发展民族制药工业。浙江大学校长竺可桢与理学院院长胡刚复等乃起而响应，有在浙江大学增设药学系的考虑。于是就向教育部提出在浙江大学理学院增设药学系的申请。获准以后，浙江大学贵州湄潭分部中开始出现了一个药学系办公室。孙宗彭在教育计划中纳入了比一般药学院校为多的理学基础课和外语课，故将学习时间定为5年。由于当时国民党政府下达的开办费用十分有限，孙宗彭又千方百计向国外筹措资金，以便购买必要的仪器设备。

民国三十三年（1944年）秋季，国立浙江大学药学系成立。浙江大学药学系招收首届新生，当时系中仅有孙宗彭1名专职教师。

民国三十四年（1945年）8月，抗日战争胜利，不久药理学教授张耀德到系。

民国三十五年（1946年），浙江大学由贵州迁回杭州，药学系有了更好的发展机遇。

1949年5月，浙江大学迎来了杭州解放，首届学生毕业，走上工作岗位。当年秋顾学裘调浙江医学院（即浙江医科大学前身），许植方和王秩福到系，承担植物化学和药物分析的教学工作。

1951年春，楼之岑到系，承担药剂学的教学工作。

1952年，全中国高校实行院系调整，浙江大学转型为单一的工科大学，药学系因而停办。未毕业的学生转到上海医学院药学系续读，教师大多随同调至上海医学院，少数转到军事医学科学院等单位工作。

1998年，浙江大学与原杭州大学、浙江农业大学和浙江医科大学合并，组成新的浙江大学。

1999年，浙江大学决定以原浙江医科大学药学院为基础，建立浙江大学药学院。

2013年5月18日，浙江大学药学院百年华诞庆典在紫金港校区西部院综合楼举行。