（一）办公室（法制科）。负责机关日常运转工作，负责文电、会务、财务、人事、机要、档案、信息、信访、安全、保密、信息化建设、对外交流和后勤保障及重要工作的协调和督办工作。负责规范性文件合法性审查工作，承担行政应诉和行政复议等法律事务工作。负责指导行政执法工作。

（二）行政审批科。负责船员、船舶的注册登记及航道、农村公路等行政审批相关工作。组织协调审批相关事项的论证审核、现场勘查检查工作。负责交通运输公路、水路等行业的体制改革等工作。负责交通行业信用体系建设工作。

（三）规划信息科。负责拟订交通运输总体规划。拟订全市公路、水路交通行业发展规划、专项规划和年度计划，并组织实施。负责上级交通运输部门实施的境内国、省公路、铁路、水路等交通基础设施建设的协调服务工作。协调公路、水路运输与铁路运输的衔接。负责公路、水路项目立项、环评、规划许可能评、安评等前期报批工作、招投标工作。综合监测分析公路、水路交通运行情况，承担全局统计和信息的上报发布工作。

（四）建设管理科。负责公路、水路建设市场监管工作，组织公路、水路工程建设。承担公路、水路交通基础设施建设，工程质量的监餐管理工作。组织研究交通建设项目中重大技术问题。组织公路，水路交（竣）工验收和工程决算工作。指导农村公路建设和养护管理工作。协调指导、监督、检查公路建设工程（交通战备工程）建设安全生产体系。组织公路建设工程质量事故分析，参与有关交通运事故的调查处理工作。

（五）运输管理科。编制交通运输行业发展规划和年度计划并组织实施。负责交通运输市场的规范管理、协调服务和城区公共交通的行业指导。协调全市各种运输方式间的关系，组织实施全市综合交通运输体系规划建设。监督检查交通运输企业执行相关法律法规及安全生产政策，协调、指导、监督交通运输企业安全生产管理工作，负责公路行业应急管理工作。组织或参与有关事故调查处理。组织协调国家、区市重点物资和紧急客货运输。负责全市交通运输系统信息化建设，指导公路，水路行业节能减排和环境保护工作。指导县、区开展治超工作。承担市国防动员委员会交通战备办公室日常工作。

（六）海事港航科。贯彻执行国家、区市有关海事方面的法律、法规、规章和方针政策，研究拟订全市水路交通行业发展规划和年度计划并组织实施。负责水路运输市场监管工作和行执法工作。负责水上交通安全监督管理工作。负责船员管理、通航保障、防治船舶污染等工作。负责渔船的监督管理工作，负责辖区内水上交通事故的调查处理。负责辖区水域内水上应急救援事件的协调、指挥和助等工作。负责全市水上水下施工作业的安全监管。