北宋治平年间（1064~1067年），罗汉寺由古月法师开山始建。初名治平寺，经历代维修扩建。

明代自葵法师时，罗汉寺达鼎盛时期。

清乾隆十年（1745年），罗汉寺因前殿倾圯，改建龙神祠，故俗称“龙王庙”。清季中叶，隆法法师建五百罗汉堂，遂更名罗汉寺。

民国二十九年（1940年）7月，日寇轰炸重庆，罗汉寺存大山门和古佛崖石刻佛像。方丈宗仙法师，鼎力重建，恢复禅堂、法堂、方丈堂、罗汉堂、大雄宝殿。

抗战期间，中国佛学会西迁重庆，中国佛学会也在罗汉寺设临时办事处，太虚大师主持其事，曾组织佛教国际访问团，由此出发问东南亚各国，因而，在当时特定的情况下，罗汉寺一度成为全国佛教事业的中心。

1949年，罗汉寺重修殿宇。

20世纪70年代，罗汉寺五百罗汉遭受严重的破坏。

1986年春，罗汉寺重修殿宇，重塑五百罗汉像。

2009年，罗汉寺再次重塑五百罗汉像。