1915年，《中华医学杂志》创刊，初为中、英文双语期刊，英文刊名为national medical journal of china。

1920年，期刊被美国chemical abstract收录。

1927年，期刊被美国医学会quarterly cumulative index medicus收录，是中国最早被国外医学索引收录的中文版医学期刊。

1932 年，期刊的英文部分与中国博医会的英文杂志china medical journal（博医会报）合并，以chinese medical journal为刊名出版；中文部分仍称《中华医学杂志》继续出版，并继续保留national medical journal of china的英文刊名。

1960年，期刊被美国国立医学图书馆出版的index medicus收录，其后被该馆的联机检索系统medline/pubmed收录。

1976年，期刊被荷兰excepta medica及其数据库em base收录。

2001年，期刊由月刊改为半月刊。

2004年，期刊被俄罗斯реферативный журнал—рж收录。

2005年，期刊由半月刊改为周刊。

2015年，入选原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊名单。