西周时期

周成王姬诵封胞弟姬虞于唐，称唐叔虞。其封地在今山西翼城，后来叔虞宗族的一支迁至晋阳，在悬瓮山麓晋水发源处建祠宇，称唐叔虞祠。虞的儿子燮因境内有晋水，改国号晋。

魏晋时期

532年，尔朱荣部将高欢在晋阳建大承相府，称晋阳为别都。534年-550年，祖鸿勋应高欢聘到晋阳游晋祠，著《晋祠记》。569年，改晋祠为大崇皇寺。

隋唐时期

586年，在晋祠创建舍利生生塔。引晋水灌溉稻田，周回41里。622年，唐鄂国公尉迟敬德感到一生杀戳太重，幡然悔悟，将晋祠别墅献给佛门，高祖李渊赐额“十方奉圣禅寺”。646年，李世民在晋阳宴请并州父老及从宫，赦并州管内辟以下囚徒。又游晋祠，撰并书《晋祠之铭并序》。742年-755年，李白游晋祠并赋诗作《忆旧游寄谯郡元参军》。832年，令狐楚为太原尹、北都留守、河东节度使，写了《游晋祠上李逢吉相公》诗。

宋元时期

979年，宋太宗赵光义火烧晋阳城。之后，又修葺晋祠，并立“太平兴国碑”以志。979年-984年，重建唐叔虞祠(今圣母殿)。汾州人赵昌言奉修晋祠，作有《晋祠记》。赵昌言奉敕而撰《新修晋祠铭并序》 。1011年，敕命州县修缮晋祠。1037年，忻、代、并三州大地震，约 7 · 3 级。晋祠悬瓮寺废毁，巨石摧坠。从此，无复瓮形，圣母殿也受到损坏。1040年，重修舍利生生塔。1077年，封圣母为昭济圣母，称昭济圣母祠。守臣请加号“显灵昭济圣母”，庙额“惠远”，故晋祠又名惠远祠。1087年，太原府吕吉（社头）等人，献圣母殿檐柱木雕盘龙六条和圣母座物。1089年，铸晋祠金人台东南隅铁人一尊。现存铁人系1926年（民国15年）补铸。1097年，铸晋祠金人台西南隅铁人一尊。1098年，铸晋祠金人台西北隅铁人一尊。1102年，赵光义重修圣母殿。1267年， 重修唐叔虞祠内建筑，勘定晋祠四周地界。弋殷撰《重修汾东王庙记》。

明清时期

1461年，山西巡抚茂彪修葺晋祠《重修晋祠碑记》碑。1548年，建读书台，修望川亭、唐叔虞祠、善利亭、难老亭。1563年，创建水母楼。1606年，建钟、鼓二楼。1647年，巡抚申朝纪修晋祠山门。1662年，重建望川亭。1686年，太原知县周在浚重修唐叔虞祠，并撰文记之。1699年，建吕祖阁。1709年，翰林院侍读高其倬修唐叔虞祠。1718年，整修奉圣寺，创建待凤轩。1730年，高氏重修台骀庙。1736年，建造钧天乐台。1737年，改建三圣祠、同乐亭。1747年，重修舍利生生塔。1751年，翰林杨二酉致仕回晋祠，致力于晋祠修缮。1757年，杨二酉书“水镜台”牌匾。1771年，山西巡抚朱珪、太原令周宽重建唐叔虞祠。1773年，扩建文昌宫、晋水七贤祠、锁虹桥。同年杨二酉书《柏月山房记》照壁。1774年，修鱼沼飞梁。1778年，建白鹤亭。1785年，建朝阳洞及读书台。1795年，扩建昊天神祠、重修读书台。1801年，修玉皇阁、三清洞，关帝庙落成。1809年，全面修葺晋祠，包括莲池、水榭、飞梁、台骀庙、公输子祠、三圣祠等。1855年，重建清华堂。

中华民国时期

1916年，建小南亭，面宽五间，进深三间。1917年，建洗耳洞和真趣亭。

中华人民共和国成立后

1951年，山西文物管理委员会正式成立，在晋祠设办事处。1952年2月9日，晋祠由山西省政府移交给太原市人民政府，成立晋祠古迹保养所。1953年10月，晋祠庙内由文管所管辖，公园由太原市建设局、园林局管辖局。11月，翻修鱼沼飞梁。

1954年，太原市人民政府成立有关晋祠园林风景、名胜古迹的保护、维修等部门，拨款30万元，对晋祠进行了大规模的环境整治。同年修智伯渠，重建锁虹桥，开挖公园北湖，并建九龙堤、码头；从迎泽公园移建六角亭、八角架等。1960年，重建望川亭、重修苗裔堂、扩建文昌宫。1978年，全面整修晋祠。共平整土地 47845 平方米，迁出文物区内住户 22 家，王琼祠南山建成六角亭一座，整修智伯渠，重砌善利泉水渠，修缮关帝庙、唐叔祠、三台阁、晋溪书院。1979年，拆除景清门围墙，制作景清门拆迁用木构件；拆除待凤轩，并为重建待凤轩打基础；彩绘胜瀛楼、难老东堡墙；安装桃园生活区照明电路；继续铺设消防管道和生活用水管道。

1990年，山西晋祠古迹保养所更名晋祠博物馆。

2022年10月7日起，晋祠博物馆闭馆。

2022年12月13日起，晋祠博物馆恢复开馆。

2024年5月18日国际博物馆日，太原市晋祠博物馆获评第五批国家一级博物馆。12月，晋祠天龙山景区正式确定为国家5a级旅游景区。