太平湾合作创新区由招商局集团和辽宁省、大连市采取央地合作，实行“管委会+公司”的政企合作模式，政府服务、企业主导，多方参与，实现共建共享、共赢发展。

太平湾合作创新区管委会是大连市政府直属派出机构，是东北地区首家实施区域治理模式的法定机构，实行企业化管理、市场化运作，具备大连市级经济管理权限。负责合作创新区的区域开发、产业发展、投资促进、企业服务、城市管理等工作。

招商局太平湾开发投资有限公司是辽宁省政府、大连市政府与招商局集团为落实东北振兴国家战略，全面推进太平湾开发建设而设立的战略合作平台，统筹合作创新区的开发建设和运营。负责合作创新区土地开发、投融资、基础设施建设、招商引资等相关工作。