1·办公室：负责局机关组织协调工作，组织全市交通发展政策研究，起草机关重要文件；负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作；承担党务、政务、信息、精神文明、纪检监察、外事接待等工作；负责局机关及下属事业单位干部人事、职称评聘、人才交流、离退休人员管理等工作；办理人大代表建议和政协委员提案；承办局领导交办的其他工作。

2·财务劳资科：负责全市交通运输基础设施建设资金使用管理的监督和内部审计工作；负责局机关及下属事业单位财务预算、资金使用的审查报批及劳动工资、社会保障工作；承担机关后勤事务、资产管理及政府采购报批工作。

3·安全管理科：指导全市交通运输行业安全生产和应急管理工作，监督落实安全生产各项法律、法规、规章和制度，拟订并适时完善交通行业安全生产应急预案，组织行业安全生产的宣传教育和检查考核，会同有关部门处理安全生产事故。

4·政策法规科：承担全市交通运输行业重大政策研究和依法行政、法制宣传教育，制定和审核规范性文件；归口管理公路路政、运政、水运执法工作及执法人员培训和证件管理；负责交通行政执法监督检查、行政复议和行政诉讼工作；负责局机关和行业精神文明、新闻宣传、综合治理与信访工作；办理人大代表建议和政协委员提案。

5·综合运输科：协调综合运输体系建设，参与拟订全市城乡交通运输中长期发展规划和现代物流发展规划；负责全市道路、水路运输市场监督管理工作，指导城乡客货运输、出租车行业管理、城市交通运营管理；监督协调道路运输站场项目建设管理和信息化工作；负责全市交通运输经济运行分析；会同有关单位制订运输价格，组织节日运输和重点物资、抢险救灾等应急运输；指导和监督行业节能减排工作及节能减排项目实施。