1993年4月7日，联合国大会通过决议，同意以“前南斯拉夫马其顿共和国”的临时国名接纳北马其顿为联合国成员，中国对该决议投了赞成票。

1993年10月12日，中华人民共和国政府代表、时任中国常驻联合国特命全权大使李肇星和北马其顿共和国政府代表、时任常驻联合国特命全权大使登科·马莱斯基在纽约签署建交公报，两国正式建立大使级外交关系。

1999年2月9日，马其顿与台湾当局建立了所谓的“外交关系”，中国政府随后与马其顿断交。

2001年6月18日，中国与马其顿恢复外交关系，之后互设大使馆。

2019年2月12日，马其顿政府声明宣布马其顿正式更名为“北马其顿共和国”，中国驻马其顿大使馆随即更名为中华人民共和国驻北马其顿共和国大使馆。