重庆自然博物馆新馆选址于北碚。建馆北碚，有利于与缙云山、北温泉、金刀峡等自然景点的优势互补，形成富有特色的“自然之旅”产品链条，有利于与老博物馆相辉映，更好地延续西部科学院、西部博物馆的文脉（“中国西部科学院旧址”已经被国务院核定公布为全国重点文物保护单位），传承博物馆文化，还有利于与西南大学的教育资源、信息资源以及学科优势相结合，共同建设西部自然资源保护与可持续利用的科研及教育高地。

位于北碚区新城缙云大道旁地块（原规划建设市竞技体育中心用地）及其向缙云山方向的拓展区域作为该项目建设用地。该地块的最大优势在于背靠缙云山，自然生态环境优美，有利于“人与自然”主题表达。规划将缙云山保护区的南部边界作为自然博物公园的北界，公园的东西边界向两侧拓展，形成千亩以上的建设用地。