人员编制

截至2014年底，上海药物所共有在职职工778人，其中科技人员548人、科技支撑人员116人，包括中国科学院院士3人、中国工程院院士3人、研究员及正高级工程技术人员101人、副研究员及高级工程技术人员126人，共有万人计划1人，“新世纪百千万人才工程” 11人，国家杰出青年科学基金获得者21人， “优青”7人。

中国科学院院士：谢毓元、陈凯先、金国章

中国工程院院士：池志强、唐希灿、丁健

万人计划入选者：南发俊

科研部门

截至2014年底，上海药物所共有4个国家级研究中心，6个研究室，11个技术平台研究中心。

国家级研究中心：新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心、中药标准化技术国家工程实验室、国家化合物样品库

研究室：药物化学研究室、天然药物化学研究室、药理学第一、第二、第三研究室、中国科学院受体结构与功能重点实验室

设施资源

馆藏资源

截至2015年8月，中国科学院上海药物研究所信息中心年订购和交换的外文现刊保持在200多种，可提供全文的外文电子期刊5800多种、中文电子期刊8000多种。拥有专业数据库90多个，形成覆盖药物设计与发现、临床前研究、临床研究、中试生产、注册上市、安全监管等药物研发各阶段，以药物化学、天然产物化学、药理学、毒理学、分子生物学、细胞生物学及相关专业文献为主的资源体系。

仪器设备

合作交流

根据2016年3月研究所官网显示，研究所与法国 servier 公司的合作 在药物筛选及治疗糖尿病新药发现方面进行合作研究。2007年9月双方签署了共建药物所-施维雅联合研发中心的协议，在中枢神经系统新型靶点和功能确认、先导化合物发现以及神经精神、肿瘤、糖尿病等疾病的新药研究领域积极开展项目合作。2012年2月，共建“早期药物代谢和毒性评价”联合实验室。

1999年9月，药物所与瑞士爱泰隆（actelion）公司共建了联合室，在中国首次运用遥测（telemetry）技术开展实验研究。2010年7月，建成了全新应用遥测技术的安全药理实验室，在基于抗肿瘤药物新靶点的创新药物研究领域开展合作研究。

2007年3月，药物所与全球大型制药企业阿斯利康（astrazeneca）公司签署了为期十年的“药物安全评价战略联盟”合作协议。2010年7月，双方合作的“药物安全评价战略联盟”实验设施完成建设并投入使用。

2008年4月，由国家新药筛选中心、上海张江生物医药基地开发有限公司、世界卫生组织和诺和诺德公司共建包含天然产物及合成化合物在内占地6000多平方米的化合物样品库。2012年建成国家化合物样品库，是亚洲国家非盈利机构拥有的最大化合物库之一。

2014年，研究所有在研国际合作项目28项，新签国际合作项目协议4个，国际合作项目到位经费4500万元，其中：药物所－施维雅早期联合实验室共建立早期药物代谢评价体系，与比利时ucb 公司开展计算生物学合作项目，加入由美国gpcr 数据共享联盟，全年接待来访团组40个180 多人次，其中特别接待葡萄牙共和国总统卡瓦科、泰国公主朱拉蓬等外国政要访问，全年共邀请50场中外专家学术报告，组织和承办7场国际学术会议，提升了药物所的国际知名度和影响力。

2021年11月17日，先声药业宣布与中国科学院上海药物研究所（上海药物所）等就抗新型冠状病毒（sars cov 2）新药开发达成项目合作。