1932年，由国立北平研究院和北平中法大学合作创建国立北平研究院药物研究所。

1933年，国立北平研究院药物研究所迁至上海。

1950年3月，并入中国科学院有机化学研究所，为药物化学研究室。

1953年，成立中国科学院药物研究所。

1955年，开始研究生培养工作。

1970年，中国科学院药物研究所改名为上海药物研究所。

1978年，上海药物研究所更名为中国科学院上海药物研究所。

1981年，被国务院批准为全国首批博士和硕士学位授予单位。

1994年，被国务院学位委员会批准为“开展自行审定、审批博士生指导教师”的试点单位。

1998年，被中国科学院批准为博士生重点培养基地。

2003年，中国科学院上海药物研究所搬迁至浦东张江高科技园区。

2004年9月，中国科学院上海药物研究所与华东理工大学合作共建的华东理工大学药学院成立。

2014年1月16日，以上海药物所为主体成立的中国科学院大学药学院揭牌暨落户上海国际医学园区签约仪式在上海举行。