学科建设

上海有机所1985年7月被批准建立有机化学博士后科研流动站，拥有1个一级学科博士点，2个一级学科硕士点，3个专业硕士点。学科方向主要有生命有机化学、金属有机化学、有机氟化学、有机合成化学、物理有机化学和计算机化学。

一级学科博士点：有机化学

一级学科硕士点：高分子化学与物理、有机化学

教学建设

截至2018年8月，自1999年开始评选全国优秀博士学位论文以来，上海有机所入选10篇；自2004年开始评选中国科学院优秀博士学位论文以来，上海有机所入选24篇；自1989年启动的中国科学院院长奖学金评选，上海有机所共有24名研究生获院长奖学金特别奖，86名研究生获院长奖学金优秀奖。

截至2016年4月，上海有机所自1978年恢复研究生招生以来，共招收2208名研究生。其中博士研究生944名，硕士研究生1264名。已授博士学位695人，硕士学位466人。有在学研究生446人。其中博士生184人；硕士生262人。