人员编制

截至2023年1月，南京分院共有在职职工3004人，其中科技人员2022人，包括两院院士8人，研究员及正高级工程技术人员481人，副研究员及高级工程技术人员769人；国家杰出青年科学基金获得者40人，其他国家级各类高层次人才计划入选者近百人，江苏省第六期333工程入选者82人。

中国科学院院士：史生才（专职）、常进（专职）、崔向群（专职）、熊大闰（专职）、陈旭（专职）、戎嘉余（专职）、周志炎（专职）

中国工程院院士：张佳宝（专职）、潘君骅（专职）

国家杰出青年科学基金获得者：甘为群、杨戟、史生才、韦大明、徐伟彪、吴德金、常进、赵长印、范一中、吴雪峰、李婧、杨群、袁训来、朱茂炎、詹仁斌、黄迪颖、王博、彭新华、骆永明、蒋新、丁维新、沈仁芳、周东美、吴龙华、颜晓元、张甘霖、秦伯强、吴庆龙、张运林、张恩楼、杨辉、戴建武、徐士杰、徐科、王强斌、陈立桅、靳健

科研部门

据2023年5月官网显示，中国科学院南京分院系统有10个法人研究机构，其中空间天文领域3个、资源环境领域3个、高技术领域3个、省院共管单位1个；拥有3个国家重点实验室、1个国家工程中心、17个野外工作台站，其中5个为国家级野外台站。

系统单位（法人研究机构）（10个）：中国科学院赣江创新研究院、中国科学院紫金山天文台、中国科学院南京地质古生物研究所、中国科学院南京土壤研究所、中国科学院南京地理与湖泊研究所、中科院南京天文仪器有限公司、中国科学院国家天文台南京天文光学技术研究所、中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所、中国科学院苏州生物医学工程技术研究所、江苏省中国科学院植物研究所（院省共管）

国家重点实验室（3个）：现代古生物学和地层学国家重点实验室、土壤与农业可持续发展国家重点实验室、湖泊与环境国家重点实验室

国家工程实验室（1个）：土壤养分管理国家工程实验室

野外工作台站（17个）：紫金山天文台青海观测站、紫金山天文台洪河天文观测站、紫金山天文台姚安天文观测站、紫金山天文台盱眙天文观测站、紫金山天文台赣榆太阳活动观测站、紫金山天文台青岛观象台、南京古生物所澄江古生物研究站、南京土壤所封丘农田生态系统国家野外科学观测研究站、南京土壤所鹰潭农田生态系统国家野外科学观测研究站、南京土壤所常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站、南京土壤所中国科学院三峡工程生态环境秭归实验站、南京土壤所中国科学院生态系统研究网络土壤分中心、南京地湖所太湖湖泊生态系统观测研究站、南京地湖所鄱阳湖湖泊湿地观测研究站、南京地湖所抚仙湖高原深水湖泊研究站、