1950年4月，中国科学院在南京设立华东办事处南京分处。

1951年2月，中国科学院决定将华东办事处南京分处改建为中国科学院南京办事处。

1954年2月，中科院上海、南京两办事处合并为华东办事处，7月在宁设华东办事处南京分处。

1955年2月，华东办事处南京分处更名为上海办事处南京分处。

1957年2月，上海办事处南京分处改建为南京办事处。

1958年4月，江苏省委决定在南京办事处基础上成立中国科学院江苏分院。

1962年5月，撤销中国科学院江苏分院。

1966年1月，中国科学院成立中国科学院华东分院南京办事处。

1969年10月，撤销中国科学院华东分院南京办事处。

1978年11月，经国务院批准，恢复中国科学院南京分院。

1980年元月，中国科学院南京分院正式成立。

2024年11月2日，中国科学院南京分院与南京师范大学附属中学，在中国科学院大学南京学院联合举办第七期中学生“紫金”科学探究计划开营仪式。