科研成果

2010年，该研究所共有在研项目140项（包括新增项目37项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目1项、承担课题10项（新增4项），主持中国高技术研究发展计划（863）项目1项，主持国家基础工作专项1项；国家水污染治理专项项目1项，课题4项；主持国家自然科学基金项目87项（新增24项），其中杰出青年基金2项，重点项目4项（新增2项）、面上项目50项（新增14项），青年科学基金项目31项（新增8项）；承担知识创新工程重大项目2项、重要方向项目15项（新增4项），承担国际合作项目10项（新增5项），承担重大仪器研制项目1项；承担院地合作项目1项（新增1项）。共发表论文356篇，其中sci论文116篇、cscd论文240篇；申请发明专利16项，获得授权专利19项，登记软件著作权12项。

2011年，该研究所共有在研项目155项（包括新增项目45项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目3项（新增2项）、承担课题9项（新增3项），主持国家基础工作专项重点项目1项；国家水污染治理专项项目1项，课题4项；主持国家自然科学基金项目103项（新增34项），其中杰出青年基金1项，重点项目6项（新增2项，含联合基金1项）、面上项目50项（新增15项），青年科学基金项目46项（新增17项）；承担中科院知识创新工程重大项目1项，重大项目课题3项、重要方向项目12项，承担国际合作项目11项（新增8项），承担重大仪器研制项目1项；承担院地合作项目1项。共发表论文315篇，其中sci论文131篇（含一区和二区论文27篇），ei文章32篇，出版专著11部；申请专利36项，获得授权专利18项，其中申请和授权发明专利32项。

2012年，该研究所共有在研项目172项（包括新增项目97项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、承担课题6项，主持国家水污染治理专项项目1项，课题3项；主持国家自然科学基金项目121项（新增38项），其中杰出青年基金2项（新增1项），重点项目6项（新增2项，含联合基金1项）、面上项目61项（新增23项），青年科学基金项目51项（新增12项）；承担中科院重要方向项目12项，承担国际合作项目6项（新增1项）；承担院地合作项目3项（新增2项）。共发表论文318篇，其中sci论文160篇，含一区和二区高影响因子论文37篇。申请和获得授权专利52件，其中发明专利34件；新登记软件著作权9件。

2013年，该所共有在研项目398项（包括新增项目130项）。其中，承担国家重大科技专项课题4项（新增1项），主持国家重点基础研究发展计划（973）和国家重大科学研究计划项目2项、承担课题5项，主持国家高技术研究发展计划（863）项目1项（新增1项）；承担国家自然科学基金重点项目4项、面上项目52项（新增20项）、国家杰出青年科学基金项目1项（新增1项）；主持院重点部署项目1项（新增1项）；承担重点国际合作项目9项（新增3项）；承担院地合作项目3项。共发表论文330篇，其中，sci论文185篇；topsci论文27篇，出版专著5部；申请和授权专利75项，软件著作权9项。“太湖水环境的演化过程与驱动机制”获得江苏省科技进步二等奖。“湖泊底泥污染控制理论技术与应用”参与获得国家科技进步二等奖。

学术期刊

《湖泊科学》

《湖泊科学》创刊于1989年，由中国科学院南京地理与湖泊研究所和中国海洋湖沼学会联合主办，主要报道湖泊（含水库）及其流域在人与自然相互作用下资源、生态、环境变化的最新研究成果，刊载与湖泊科学有关的各学科（如物理学、化学、生物学、生态学、地质学、地理学等）以及湖泊工程、流域综合管理的理论性或应用性研究论文、简报和综述。

《湖泊科学》 2006起改为双月刊，每 1、3、5、7、9、11月6日由科学出版社出版

《湖泊科学》已经被中国所有数据库（机构）列为核心期刊，并被数10家国际专业数据库收录。

根据中国科学技术信息研究所2015年9月公布的2014年度中国科技期刊引证报告（核心版），《湖泊科学》综合评价总分排名水文学、海洋科学类第一；其中，影响因子为0·937（水文学、海洋科学类第一），总被引频次达2034 次（水文学、海洋科学类第一）；如果按照中国科技期刊引证报告（扩刊版）的统计数据，《湖泊科学》2014年的影响因子和总被引频次分别为1·191 和2714 次 。