随着业务领域不断拓展和服务功能日益完善，建行省分行内部机构设置变化很大，1989年，增设监察室、教育处，下属机构设有福建炼油厂专业支行；1990～1993年，先后增设省分行营业部、政治思想工作办公室、投资调查处、省分行党校。1995年，按照商业银行运行的特点，对机关内设机构作了较大调整，设立了信贷一处、信贷二处、委托处、房地产信贷部；同时撤销建筑经济处、投资处，并将省分行信托投资公司改为省分行直属支行。1996年，适应业务发展需要，设立资金清算中心、信贷管理部、调查评估部、资产保全部；撤销信贷一处、信贷二处，并将有的处更名为部。1998年，省分行内部机构设办公室、筹资部、信贷管理部、会计部、资金清算中心、人事处、监察室、国际业务部、老干部工作处、信用卡部、计划财务部、资产保全部、中介业务部、科技处、稽审处、法律法规室、咨询中心、行政处、调查评估部、房地产信贷部、保卫处、思想政治工作办公室、机关党委办公室、工会办公室、计算中心等25个处(室)；直属单位有：省分行营业部、直属支行、铁路专业支行、电力工程专业支行干校、武夷干部培训中心，以及宏建经贸公司和建融房地产公司等。下辖8个地(市)分行(厦门分行实行计划单列)。至年底，全辖机构网点总数708个。

1989年以来，建行省分行一方面履行财政职能，一方面加快拓展银行业务。自1994年开始由国有专业银行向商业银行转轨后，财政职能日益缩小直至消失，原来的固定资产拨款改为贷款业务，对基建单位、建筑施工企业、房地产开发企业的财务监督等政策性工作，转为财政部门委托管理的业务。与此同时，发展存贷款业务、国际金融业务、房地产金融业务、委托代理业务等，加快向商业银行迈进。虽然仍以经营中长期投资业务为主，但其业务范围已扩展到商业银行的各个业务领域。对支持本省经济建设，特别是邮电、电力、公路、铁路、民航、石油、化工等基础设施项目建设和大中型企业的基建、技术改造作出贡献。至1998年底，该行人民币一般性存款余额93·6亿元(居本省商业银行第2位)，各项人民币贷款余额281·9亿元，人民币存贷款余额比1988年分别增长近15·8倍和9·3倍；同期外汇存款余额3·53亿美元，外汇贷款余额7982万美元；当年累计办理国际结算36·3亿美元，结售汇13·6亿美元。全年实现本外币账面利润6·79亿元，实际利润4·85亿元，创历史最好水平。