中国工程科技发展战略河南研究院设立院长、学术委员会及办公室。

学术委员会是研究院的咨询研究指导机构，由院士及相关领域资深专家担任。负责提出、评议咨询研究项目，对咨询项目研究、成果转移转化、学术与人才交流、服务院士等重要问题提出意见和建议。每年召开1-2次学术委员会会议。

研究院依托郑州大学建设与运行，办公室设在郑州大学，负责行政事务、后勤保障和财务工作；郑州大学为研究院提供相应办公场所和必要设施，为研究项目开展提供基础与生活条件保障。

研究院业务上接受中国工程院科技合作办公室指导，行政管理以河南省人民政府为主。