（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担公文处理、督办督查、政务信息、政务公开、保密、会务、机要、信访、新闻宣传、档案、综治维稳、水利科技等机关内部管理和后勤保障服务工作。

（二）规划财务科。拟订水利发展规划，组织编制水利综合规划和专项规划，审核水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。指导水工程建设项目合规性审查工作。负责水利建设投资计划，承担水利统计工作。负责水利改革统筹协调工作。负责编制部门预算并组织实施，承担财务管理和资产管理工作。组织提出水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。

（三）行政审批与政策法规科。拟订水利工作的政策并监督实施。承担市级权限范围内的水利行政许可工作并监督实施。承办行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调、仲裁跨县（区）水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。指导水利系统法制宣传教育和普法工作。

（四）水资源科（全市节约用水办公室）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。组织编制水资源保护规划，指导全市饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源评价有关工作，组织编制并发布国家水资源公报。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。

（五）河(湖)长制工作科。负责河(湖)长制领导小组办公室（试验区管委会办公室）的日常工作。负责全市全面推行河(湖)长制工作方案、相关制度及考核办法的起草制定。指导、协调、督促全面推行河(湖)长制措施的落实。负责协助市级河(湖)长、总督察、副总督察开展督察、指导工作。负责河(湖)长制工作考核、督查等。负责监督指导县区河(湖)长制工作。

（六）水旱灾害防御科。组织编制水旱灾害防治规划、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。组织实施水旱灾害防护标准。承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。承担台风防御期间重要水利工程调度工作。组织指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。指导监督河道管理范围内建设项目和活动管理有关工作。

（七）建设运行管理与监督科。指导水利工程建设管理，拟订有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导江河干堤、病险水库、水闸的除险加固。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。

（八）农村水利水电和水土保持科。负责全市农村水利的管理和改革工作。组织开展灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉和村镇供水排水有关工作。组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利社会化服务体系建设。指导水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，审核生产建设项目水土保持方案并监督实施。

机关党委（人事科）。负责机关和直属单位的党群工作。负责机关和直属单位机构编制、干部人事、职称评聘、教育培训、劳动工资工作。指导水利行业人才队伍建设。负责离退休干部工作。