根据上述职能，玉溪市环境保护局内设4个职能处室（正科级）。

办公室

承办局机关政务活动事宜，承担综合性政策调研和协调工作；负责起草局工作计划、总结报告及有关公文；负责人事、劳动、工资、职改、统计、档案、保密信息等工作；综合协调局机关各处、室及下属单位工作；负责会议组织、记录、文电处理及行政事务管理制度的拟定和实施；负责落实各处室交办的任务及对各处室工作职责的考核；负责局机关行政财务及车辆等资产的管理工作；负责机关职工生活福利、计划生育工作；负责离退休人员的管理和工作往来的接待工作；协助总支搞好党务工作；完成局领导交办的其他事项。

治理监督处

组织编制全市环境保护中、长期规划和年度计划，并负责对计划执行情况进行监督和检查；管理全市的环境保护基本建设投资计划和环境保护专项资金的使用计划及预决算工作；组织拟订有关水、大气、固体废弃物、噪声等污染防治方面的技术规范性文件；监督检查重点污染源的污染防治工作；负责新建项目的“三同时”竣工验收及督促检查；负责环境保护目标责任书的制订和考核；组织拟定全市环境保护的经济技术和产业政策，编制环境科学技术和产业发展规划、计划，推广现有实用技术和清洁生产、管理环境标准、环保产品标准和环保标志；负责有毒化学品环境管理和有害废物的处置管理；负责我市“三湖一海一库二河”的环境保护工作；参与协调处理跨县（区）的环境污染纠纷；指导污染治理示范工程建设；监督指导乡镇企业的污染治理工作。

管理开发处

负责全市新、扩、改建项目的厂址选择；建设项目环境影响报告书（表）及“三同时”的审批；负责办理实施城市环境综合整治工作；贯彻执行国家环境保护的技术政策；组织科技项目的研究与开发，编制科研计划，检查科研课题的进展情况；组织辖区内、外科技合作项目及信息交流；贯彻执行国家有关的自然环境保护的方针政策，负责全市自然保护区、农业生态区综合管理和新建自然保护区的审查、呈报工作，统一监督管理野生动植物尤其是珍稀濒危物种的保护工作。

法规宣教处

组织调研和起草地方性的环境保护规章和规范性文件；组织起草全市综合性环境保护会议文件；办理环境行政复议、应诉工作以及群众的来信来访；负责环境保护执法检查以及系统内部执法稽查工作；拟订我市环境保护宣传教育提纲；组织指导全市开展各种形式的环境保护宣传活动；拟订全市环保干部的培训计划；做好环境保护专业教育和业余教育；配合司法部门组织环保法制教育；会同有关部门对企业负责人开展环境保护知识的教育、考核和验收；负责系统内部环境科技成果的申报、登记、评审管理工作，以及环保科技信息、情报简报工作。