2020年12月23日，获得“云南省抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。

2021年1月16日，入选为“全国食品安全工作先进集体”拟表彰对象的公示名单。

2021年4月，荣获全国食品安全工作先进集体。

2022年4月，云南省疾控中心疫情监测/突发公共卫生事件应急处置中心入选2022年度云南省三八红旗集体拟表彰名单，并予以公示。

2022年5月，共青团云南省疾病预防控制中心委员会被拟授予“2021年度云南省省直机关五四红旗团委”称号。