1966年8月，红卫兵冲击灵隐寺时，根据浙江省委指示，省军区和杭州市委协调行动，组织浙江大学、杭州钢铁厂等单位人员和当地农民共同守护。至8月底，周恩来总理发出“灵隐寺暂加封闭”的电示，这座古刹才得以幸存。

2013年5月3日，灵隐寺石塔和经幢西湖被国务院核定为第七批全国重点文物保护单位。

2014年1月9日，国家宗教事务局办公室发布了《国家宗教事务局关于进一步推动文明敬香、建设生态寺庙工作通知》，其中就提出了规范加大文物保护力度，规范烧香行为。从2014年开始，杭州市提出了“文明敬香”的倡导，灵隐寺内不再出售明火类香烛，改为赠送三支清香。

2015年，灵隐寺在进门和出口安装了电子计数器，能够实时监测寺庙游客数量，一旦寺庙里超过5万人，就会减缓门票的出售速度，以保证正常游览秩序。寺庙内大殿外还会设置“回”字型的入口，以便控制各大殿内游客的人数。

2021年9月18日，被文化和旅游部认定为第五批国家级非物质文化遗产代表性项目保护单位。