1975年6月，决定在南郊新建一所完全中学，定名为陕西省榆林县第二中学。8月，榆林县第二中学筹建处成立。

1981年6月，学校改称为“榆林县第二中学”。

1988年，榆林县撤县改市，学校改称为“榆林市第二中学”。

2005年，学校晋升为“榆林市标准化中学”。

2014年8月，学校初、高中完全分离，高中部迁入新校区，沿用了“榆林市第二中学”的牌子，老校区专设初中部，改名为“榆林市第十三中学”。

2016年，学校被陕西省教育厅授予“陕西省艺术教育示范学校”。

2021年，学校被陕西省教育厅授予“陕西省普通高中示范学校”。