1989年上海虹桥空难

1989年8月15日：东航一架an-24（b-3417）执行由上海飞往南昌的航班，在虹桥机场起飞时因引擎故障坠毁于距机场约240米的周家浜中，导致34人遇难，仅6人生还。

1993年太平洋遇险

1993年4月6日：东航一架md-11（b-2171）客机从北京经上海至洛杉矶的mu583航班在美国阿拉斯加阿留申群岛南约950海里的太平洋上空飞行时，前缘缝翼伸出，飞机急速翻滚、跌落和上升数次，高度下跌了5000英尺。此次事故造成两名乘客死亡，149名乘客和7名机组成员受伤。事故中飞机结构没有受损，但机舱内饰受损严重。

1993年福州空难

1993年10月26日：东航一架 md-82 (b-2103) 客机执行由深圳飞往福州的mu5398航班，于降落福州义序机场时冲出跑道坠毁，机身断开三截，机上80名乘客中有2人死亡。

1998年上海虹桥迫降

1998年9月11日：东航一架 md-11 (b-2173) 客机执行由上海飞往北京的mu586航班，于上海虹桥国际机场起飞后因起落架失效被迫折返上海虹桥机场，事件中无人受伤。其后事件被制作成一部电影名为《紧急迫降》。

2004年包头空难

2004年11月21日：东航从包头到上海的mu5210航班，一架crj-200客机（b-3072）（并购之前云南航空）在起飞一分钟后坠毁，机上53人全部罹难。2006年12月21日，中国国家安全生产监督管理总局和监察部公布了事故原因：飞机起飞过程中，由于机翼污染使机翼失速临界迎角减小。当飞机刚刚离地后，在没有出现警告的情况下飞机失速，飞行员未能从失速状态中改出，直至飞机坠毁。飞机在包头机场过夜时存在结霜的天气条件，机翼污染物最大可能是霜。

2013年上海虹桥冲出跑道

2013年6月7日，东航一架erj-145执行由淮安飞往上海虹桥的mu2947航班，于降落上海虹桥机场跑道时，前起落架先于主起落架触地并折断，飞机冲出跑道。

2014年武汉机场撞飞机

2014年3月23日，东航一架波音737-800客机在武汉天河国际机场与南航飞机相撞，无伤亡。

2014年南宁误降滑行道

2014年6月17日，东航mu2005航班，在降落南宁吴圩国际机场时误落在滑行道上。未造成严重后果。

2014年长治冲出跑道

2014年6月19日，上午8时40分，东航mu2487航班从武汉天河机场起飞。9时53分，该飞机在山西长治机场冒雨降落，结果冲出跑道300多米，最终停在草坪上。东航随后发表声明称，人机安全。

2014年武汉无法移动

2014年6月26日，从广州飞往武汉的东航mu2541航班，降落滑行到滑行道后无法移动，不能进入停机坪，机场己关闭b3道口，机上148人无伤亡。

2016年上海虹桥机翼碰擦

2016年1月27日，12时10分，东航mu2153航班（西安-虹桥）抵达虹桥机场后，在滑行停靠廊桥时，与一架准备离港的东航飞机发生翼尖轻微擦碰，未造成人员伤亡。