办公室

综合协调局机关日常工作；建立健全机关各项规章制度；协调实施年度工作目标责任制；承办机关文电、重要会务、政务信息、机要、保密、档案、建议提案、宣传、综合治理、爱国卫生、信息化建设、资产管理、行政后勤等工作；参与数字城管相关工作。

组织人事科

负责局机关和所属单位的机构编制、组织人事、队伍建设等工作；按权限管理所属单位领导班子和局管干部；负责交通运输行业专业技术人员管理相关工作；负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导所属单位离退休人员管理服务工作；牵头负责信访工作；指导系统群团、行业协会、职工教育、计划生育等工作。

运输管理科（政策法规科）

组织拟订全区综合交通运输体系的发展规划和有关专项规划、计划；指导、监督客运、货运、汽配、维修、驾培、收费公路、场站、汽车租赁等道路运输行业管理工作；指导、监督水路交通运输行业管理工作；组织协调国家重点物资、紧急客货运输和重大节假日运输、抢险救灾、军运工作；指导、监督全区交通运输行业行政执法工作；指导推进依法行政、普法宣传、教育和节能减排工作；负责系统执法人员的教育、培训工作；负责局职责范围内具体行政行为的法制审核；负责相关行政复议、行政应诉等工作；承办局规范性文件的法制审核及所属各单位规范性文件、重大具体行政行为的备案审查工作；指导、监督交通行业行政许可和行政审批工作;承担区交通战备办公室的日常工作。

财务审计科

负责交通专项资金、部门预决算及部门非税收入和国有资产监督管理工作；组织编制交通运输部门年度预决算；负责局机关财务管理工作；指导、监督局系统所属单位的财务管理工作；负责所属事业单位国有资产管理及财务预决算的审核工作；负责所属事业、企业单位的内部审计工作；负责交通基础设施建设项目资金筹措、拨付等协调工作。

安全监督科

主要承担对交通企业的管理，做好交通企业的转制工作，交通运输企业的安全工作等。

规划建设科

负责交通建设规划。

余杭区交通运输行政执法队

依法统一行使公路路政、道路运政、交通工程质量监督管理等交通运输执法门类的行政处罚及与之相关的行政检查、行政强制等执法职责。

余杭区公路与运输管理服务中心

协助起草综合交通运输相关政策、制度、标准及规范性文件并承担组织实施的支撑保障工作。承担交通基础设施建设和养护行业管理的事务性工作；承担交通基础设施建设市场监管的技术性、辅助性工作；指导全区农村公路建管养运工作。承担道路运输及场站、汽车租赁、机动车驾驶员培训、机动车维修、营运车辆综合性能检测等相关行业管理的事务性工作，承担道路运输及相关从业人员继续教育、考核与管理。协助做好行业转型升级、城乡客运一体化、公交优先发展战略及巡游出租车和网约车协调发展等推进工作。承担全区交通运输行业安全、交通战备和应急管理的技术性、事务性工作。承担全区交通运输信息化、数字化、智能化建设管理相关的技术性、事务性；协助推进交通运输行业创新、生态环保、节能减排及行业信息统计和发布工作。承担全区交通运输行政审批的技术性、事务性工作。完成区交通运输局和上级业务部门交办的其他任务。

余杭区交通工程建设服务中心

负责本区交通重点工程项目的建设管理及省市重点工程项目的授权建设管理的具体事务性工作。协助区交通运输局拟订全区交通运输基础设施发展规划、综合交通运输体系发展规划，协助编制专项规划。协助区交通运输局对交通建设工程规划与可行性研究工作。完成杭州市余杭区交通运输局交办的其他任务。