1996年12月，公司成立，原名北京同仁堂民安药业有限公司。

2016年，金木集团全资收购北京御本堂药业有限公司。

2017年，更名为北京御本堂药业集团有限公司，完成gmp认证。

2019年，迁址怀柔北房镇，投资4800万元升级基础设施，承办首届中医馆发展与道地药材论坛。

2020年，组建御本堂(北京)医药连锁有限责任公司，完成药品注册变更核查。

2024年，持股比例在重庆药业公司下降至70%，授权多项实用新型专利。