截至2025年，上海元亨祥股权投资基金集团有限公司的分支机构包括：

杭州分公司：成立于2015年6月2日，注册地址为浙江省杭州市江干区财富金融中心2幢503室，负责人陆芳芳，参保人数75人，2019年7月23日注销。

松江分公司：成立于2016年，位于上海市松江区，法人代表范洪云。

海门分公司：成立于2015年06月18日，位于海门市海门镇商业步行街829号，法定代表人程芳，2019年后注销。

杭州第二分公司：成立于2016年，位于杭州市西湖区，法定代表人夏丹丹，后注销。