私立东陆大学

1912年，随着中国多省大学相继建立，当时省督军公署和省长公署高度重视大学建设，督军兼省长唐继尧决定“废督裁兵，振兴文治”，创办云南第一所现代大学。1915年，全国教育行政大会通过滇省自办大学计划书，同意云南筹建大学，但因经费短缺而被搁浅。1918年，在滇、川、黔三省联合会议上，代表们建议在云南建立一所联合大学，但因跨省办学困难大，也未能如愿。1919年，龚自知等一批地方名流和有识之士又联合向省议会递交了请愿书，希望尽快成立云南省立大学。

1920年，云南第一批留学生董泽、杨克嵘、萧扬勋、何瑶、段纬等学成归滇，积极地向唐继尧提出创办大学的建议，得到唐继尧的大力支持和鼓励。同年10月，大学筹备处正式成立，唐继尧命省参议员王九龄和督军府秘书官董泽负责筹办事宜，省内一些民族资本家纷纷捐款以示支持。王九龄、董泽将大学筹备处设于翠湖水月轩内，并制定《东陆大学进行计划概略》，提出大学筹建的办法、经费来源、设科等意见。不料，1921年初，滇军第二军军长顾品珍倒戈反唐，占领昆明，唐继尧出走香港，董泽随同去港，大学筹备工作被迫中断。

1922年3月，唐继尧回师云南，重掌云南政权，复命王九龄、董泽二人恢复大学筹备处。7月1日，唐继尧任命董泽为筹备处处长，并迁筹备处于平正街双塔寺省工业学校。董泽任教育司司长之后，为便于工作，筹备处又迁至教育司署内。

省立东陆大学

省立云南大学

国立云南大学

1938年，学校改为国立云南大学，下设有5个学院（文法、理、工、农、医），18个系，3个专修科，3个研究室。1946年，《不列颠百科全书》将云南大学列为中国15所在世界最具影响的大学之一，西南联合大学电讯专修科并入，云南大学教育专业并入西南联合大学。中央研究院天文研究所迁回南京后，将其设在昆明东郊凤凰山天文台的不动产及带不走的太阳分光仪等仪器以共办形式交给云南大学管理。

1951-1958年，全国院系调整，云南大学隶属中央高等教育部。1950年，私立五华文理学院除中文系和外语系外、昆明甘美医院、云南省立英语专科学校并入云南大学，国立云南大学更名为云南大学，后重庆大学有色专修科、贵州大学及贵州理工学院的矿冶系、机械电机系、数理系、化学系及西昌技艺专科学校园艺科部分师生先后并入云南大学，云南大学航空并入四川大学、北京航空学院，园艺、桑蚕并入西南农学院，法律、政治并入西南政法学院，土木工程并入重庆建筑学院、四川大学，铁道管理并入北京铁道学院、中南土木建筑学院。1958年8月，云南大学划归云南省政府管辖，并且经过院系调整后，工学院独立为昆明工学院，医学院独立为昆明医学院，农学系和林学系独立为昆明农林学院（今云南农业大学和西南林业大学前身），学校仅设文理两科，共6个系。

1961年，云南政治学院并入。1978年，云南大学被教育部列为全国88所重点大学之一，两年后，云南大学法律系恢复重建并于次年招生。1997年11月，云南大学正式成为国家“211”工程首批建设的61所大学之一。1999年，云南省政法高等专科学校并入。

2004年，云南大学成为省部共建高校。2007年5月，学校在教育部本科教学工作水平评估获优秀。7月，微生物获准教育部省部共建重点实验室。2012年，云南大学成为国家“中西部高校基础能力建设工程”和“中西部高校提升综合实力工程”实施院校。2014年7月，学校被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校，10月，经国家旅游局批准，中国旅游研究院边境旅游研究基地正式落户云南大学。2015年12月云南省电子计算中心并入。

持续发展

2020年4月，云南大学设有26个学院，10个研究院，76个本科专业，21个一级学科博士学位授权，42个一级学科硕士学位授权，22个专业硕士学位授权。2020年9月，云南省第二人民医院（省红会医院）划归云南大学正式划归云南大学管理，名称变更为云南大学附属医院（省第二人民医院、省眼科医院）。10月，云南大学民族与边疆学部成立。12月，云南大学历史博物馆开馆。2021年9月，云南大学成立生命科学与医药学部、现代工学院、碳中和创新中心三家新机构。2022年2月，云南大学入选国家第二轮“双一流”建设高校。5月，加入云南省高校服务乡村振兴战略联盟。

2023年4月20日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平致信祝贺云南大学建校100周年。贺信指出：100年来，云南大学秉承“会泽百家、至公天下”的办学精神，扎根祖国西南边疆民族地区，培养了大批优秀人才，为促进民族团结进步、服务区域经济社会发展作出了积极贡献。6月21日，加入云南省高等学校女子足球发展联盟并担任首届联盟理事会成员。11月3日，云南大学数字经济协同创新联盟成立。2024年3月24日下午（达卡当地时间），由云南大学等联合建设的达卡大学中国研究中心（ccs）揭牌成立。

2025年3月4日，据云南大学消息，该校2025年将继续扩大招生规模，拟增加300个本科招生名额，主要投向理工农医类专业及双学士学位项目相关专业，进一步聚焦国家战略需求，重点针对科技、农业、医疗等关键领域人才缺口，强化理工农医类学科布局，着力培养直接服务于国家、地方经济与产业发展需求，助力区域创新能力提升的拔尖创新人才，同时推动双学士学位项目提质增量，促进学科交叉融合。3月28日，中国科学院南京地质古生物研究所与云南大学科教合作协议签约仪式举行。4月8日，云南省广电局与云南大学座谈并签署战略合作框架协议。

2025年4月24日，云南大学与南方电网公司在昆明签订人才培养交流合作协议。