干校时期

1950年，云南省财政厅成立云南省财政训练班，1951年改为云南省财政干部学校。1958年，财政干部学校与商业、供销、银行4所干部学校正式合并，成立了云南省财贸干部学校。1964年，云南省财贸干部学校被撤销，恢复和建立了商业、合作、财政、银行、粮食5所干校，分别由省商业厅、供销社、财政厅、人民银行、粮食厅主管，直到1969年，以上5所干部学校停办。1973年6月，重新筹建省粮食干校、商业干校和财政金融干校。1978年6月，经中共云南省委批准，将省财政金融干校、商业干校和粮食干校再次合并组成云南省财贸干部学校，由省委财贸政治部领导。1978年秋，该校招收两个两年制专科班。1979年4月，经省政府批准省财贸干校开办财贸大专班，1980年改学制为三年。

学院时期

1981年8月，国务院批准成立云南财贸学院，学院设在昆明市，由云南省领导。学院设置商业经济、财政、金融、计划统计、会计、基建财务信用、物价等专业，学制四年。下设商业经济系、财政系、金融系、计划统计系，从1982年起开始招收本科生，同时省财贸干校的任务不变。1995年，云南财贸学院被云南省政府确定为省属重点大学，1997年通过教育部本科教学合格评估。1998年4月，云南省政府决定将云南经济管理干部学院与云南财贸学院合并办学，成立新的云南财贸学院。1999年1月，两院正式合并。

升格发展

2003年12月，云南省财贸学校并入云南财贸学院。2006年2月，教育部正式批准云南财贸学院更名为云南财经大学。2013年成为博士学位授权单位，2014年获得首个博士后流动站。2017年，教育部新增54所推荐优秀应届本科毕业生免试攻读研究生普通高等学校名单，云南财经大学位列其中。2022年5月，云南财经大学获评2021年度云南省“十佳易班工作站”称号。2023年7月，该校荣获2022年度全国“优秀易班共建高校”称号。