1951年3月，西康省卫生技术学校创建。

1962年，更名为四川省雅安卫生学校。

1977年，雅安地区农业机械化学校创建。

1978年，雅安地区财贸学校创建。

1984年，雅安地区教师进修学院更名为雅安教育学院。

2000年，雅安地区财贸学校更名为雅安市财贸学校，雅安地区农业机械化学校更名为雅安农业机械化学校，雅安农业机械化学校、雅安市财贸学校、雅安地区工业技工学校并入雅安教育学院。

2002年4月，雅安教育学院、四川省雅安卫生学校合并组建雅安职业技术学院。

2006年11月，学院通过教育部组织的高职高专人才培养工作水平评估；2012年，学校获省级示范性高职院校建设单位；2015年1月，以优秀等级通过验收；2016年9月，历经“5·12”汶川特大地震和“4·20”芦山强烈地震两次灾后重建，形成了三个校区，占地830亩。

2017年11月，学校被确立为四川省优质高等职业院校建设计划（培育）立项建设院校；2021年9月雅安职业技术学院获批立项省级高水平高职学校建设单位，临床医学专业群、药学专业群被列入四川省高水平专业群建设计划。

2023年，学校获四川省“三全育人”综合改革试点高校

2024年1月，学院获批全国乡村振兴创新发展优秀基地。