1998年9月1日，因办学机制改革（初中和高中分离），坐落石化七村759号的上海师范大学第二附属中学分部被正式命名上海市蒙山中学，开始独立办学。

2002年8月，蒙山中学与原石化五中合并，并迁址龙胜路100号。

2008年9月，金山区青少年业余体育学校归并蒙山中学，实行“两块牌子、一套班子”管理模式。

2011年8月，学校初三年级又整体搬迁至石化七村759号，学校形成南北两校区。

2014年8月，学校与上海市朱行中学组成金山区蒙山教育集团，实行紧密型集团化办学（或称“两校一长集团化办学”）。2018年8月，与上海市朱行中学、上海市亭新中学、上海市金卫中学组成新的金山区蒙山教育集团。

2021年9月，上海师范大学附属金山前京中学投入使用，与蒙山中学实行“管理一体、师资一体、课程一体、教研一体和评价一体”举措，蒙山教育集团日益壮大。