2019年内设机构改革后，北京市怀柔区人民法院共有14个部门。

审判业务部门10个：刑事审判庭、民事审判一庭、民事审判二庭、行政审判庭（综合审判庭）、执行局（执行一组、执行二组、执行三组、执行四组）、立案庭（诉讼服务中心）、庙城法庭、雁栖法庭、汤河口法庭、审判管理办公室（研究室）。

非审判业务部门4个：综合办公室、政治部（组织宣传组、干部组、监察组、教育培训组）、司法警察大队、后勤服务中心。

2023年8月14日，成立环境资源审判专门机构。