厦门大学共有12个学院入驻翔安校区。它们是：

厦门大学生命科学学院

厦门大学海洋与地球学院

厦门大学环境与生态学院

厦门大学医学院

厦门大学药学院

厦门大学公共卫生学院

厦门大学能源学院

厦门大学国际中文教育学院/厦门大学海外教育学院

厦门大学航空航天学院

厦门大学信息学院

厦门大学电子科学与技术学院

厦门大学继续教育学院

另有少数民族预科班预科学生、厦门大学化学化工学院和厦门大学萨本栋微米纳米科学技术研究院的部分研究生在翔安校区学习生活。