2003年5月，经中华人民共和国教育部批准，厦门大学嘉庚学院正式创办。2003年9月，嘉庚学院迎来首批7个系、9个专业的458名新生。时任厦门大学校长、嘉庚学院董事长朱崇实莅临嘉庚学院指导迎新工作。仅4年后，嘉庚学院就发展成为一个万人学府。

厦门大学嘉庚学院由厦门大学和厦门嘉庚教育发展有限公司共同创办，得名“厦门大学嘉庚学院”。校名中的“嘉庚”二字旨在纪念中国民办教育的杰出榜样、厦门大学校主陈嘉庚先生。

2023年10月21日，时任国务委员陈至立在教育部副部长袁贵仁，福建省委副书记黄瑞霖，省委常委、厦门市委书记郑立中，厦门市常务副市长丁国炎，福建省教育厅党组书记、厅长朱之文，漳州市委书记袁荣祥等的陪同下，视察厦门大学漳州校区。时任国务委员陈至立、福建省委副书记黄瑞霖为其揭牌，掀开了嘉庚学院向优质大学奋进的历史。

2003年11月，嘉庚学院首次举行院长与学生对话会，院长与学生“亲密接触”，为学生答疑解惑。院长与学生对话会已经成为嘉庚学院颇具特色的常规活动。

2005年6月，嘉庚学院在福建省首开先河，举办“校园开放日”。每年6月的第三个周末举办“校园开放日”是嘉庚学院的传统。

自2007年1月起，该学院开设国际班，从国际商务学院、管理学院、会计与金融学院大一新生中选拔学生，推行纯英文环境下的专业教学。2008年2月，嘉庚学院实行体育教学俱乐部制，学生可自选锻炼项目、锻炼时间及授课教师。

2007年6月30日上午，厦门大学嘉庚学院2007届本科生毕业典礼暨学位授予仪式在厦门大学漳州校区主楼群3号楼大报告厅隆重举行。厦门大学党委副书记、常务副校长潘世墨、福建省招商局漳州开发区管委会副书记张逸南、厦门大学漳州校区党工委副书记谢银辉、厦门大学漳州校区管委会副主任郑树东、厦门大学嘉庚学院院长王瑞芳、副院长戴一峰、副院长李初环、党总支副书记张必华、毕业生所在系主任以及教师代表在主席台就座。王瑞芳院长亲自向毕业生颁授学位证书并援正流苏。嘉庚学院首届9个专业的411名毕业生分别获得了厦门大学文学学士学位、管理学学士学位、经济学学士学位和工学学士学位。

2011年11月，嘉庚学院通过福建省学士学位授权单位（专业）专家组评审，被增列为学士学位授予单位，学院的36个专业也被增列为学士学位授权专业。

2012年6月，嘉庚学院首次自授学位，由之前的授予厦门大学学士学位改为授予厦门大学嘉庚学院学士学位。

2013年10月20日上午，厦门大学嘉庚学院建校10周年庆祝大会在主楼群3号楼大报告厅举行。庆祝大会由厦门大学嘉庚学院党委书记邱伟杰主持。

厦门大学党委副书记、副校长李建发教授宣读了原全国人大常委会副委员长陈至立的贺信。2003年10月21日，时任国务委员陈至立亲自为嘉庚学院揭牌，掀开了嘉庚学院向一所优质大学奋进的历史。陈至立在贺信中向厦门大学嘉庚学院建校10周年表示热烈祝贺，向师生员工和海内外校友表示诚挚问候，对厦门大学嘉庚学院的办学成就给予了高度评价，并希望厦门大学嘉庚学院弘扬嘉庚精神，发挥优势，办出特色，深化改革，开拓创新，为国家经济社会发展和海峡西岸经济区建设培养更多高素质人才，为实现中国梦作出应有贡献。

发来贺信、贺电的还有福建省教育厅、招商局集团、境内外兄弟高校、各战略合作单位、社会人士、校友等。漳州市人民政府副市长赵静，龙海市委常委、副市长杨学军，招商局集团顾问吴斌，招商局漳州开发区党委副书记、常务副总经理李宏午，招商局漳州开发区管委会副主任、副总经理李纪治，经济学家、厦门大学原党委书记吴宣恭教授，教育学家、厦门大学潘懋元教授，英国赫尔大学常务副校长prof· ian pashby，兄弟院校领导、厦门大学历任领导、著名企业家、捐资助学单位负责人、合作单位代表、校友代表、家长代表、师生代表等参加了庆祝大会。

从2014年开始，嘉庚学院与厦门大学研究生院开展联合培养硕士研究生，首批24名硕士研究生是和厦大研究生院联合培养的方式，学生毕业后，获得厦大的学历学位证书。

2016年，嘉庚学院持续进行学术组织架构的调整与优化，于4月揭牌成立会计与金融学院，于6月揭牌成立环境科学与工程学院。

2017年厦大嘉庚学院与厦大研究生院联合培养的首批硕士研究生（简称联培生）毕业，他们获得了由厦门大学颁发的毕业证书和学位证书。

2018年11月，在《福建省本科高校毕业生竞争力之月薪调查报告》《福建省本科高校毕业生竞争力之晋升调查报告》中，嘉庚学院毕业生平均月薪位列福建省综合性大学第四，毕业生晋升总监级高管人员占比高居福建省综合性大学第二。2019年11月至12月，嘉庚学院的日语系正式升格为日本语言与文化学院，土木工程系正式升格为土木工程学院，原英语系、原大学外语教学部也正式合并为英语语言文化学院。至此，该学院形成了12个学院、2个独立系的学术组织架构。

2021年4月，厦门大学嘉庚学院设计与创意学院正式揭牌成立。2023年5月，嘉庚学院设计与创意学院成立“闽台乡村设计与创意研究中心”，开展以保护乡土文化、弘扬闽台乡村物质文化和非物质文化的科学研究及人才培养工作。同年10月，嘉庚学院举行建校20周年庆祝大会，前来参加该校庆活动的校友超过7000人。在该庆祝大会上，还举行了杰出贡献奖颁奖仪式和长期服务奖表彰仪式，并开通了学院教育发展基金的捐赠通道。

2023年10月21日，在校主陈嘉庚先生诞辰149周年，厦门大学嘉庚学院迎来了建校20周年校庆。厦门大学校长张宗益、原党委书记王豪杰、原校长朱崇实，福建省人民代表大会常务委员会原副主任洪华生，漳州市人民政府副市长余向红，中国人民解放军福建省漳州军分区大校副司令员储霆，仰恩大学原党委书记黄如彬，厦门理工学院原副院长尤国顺，厦门医学院党委副书记、厦门大学嘉庚学院原党委书记林辉，厦门市张亦春教育发展基金会名誉理事长张亦春等，以及厦门大学党委常委、副校长、嘉庚学院董事长、党委书记邱伟杰，厦门大学老领导潘世墨、陈力文、陈国凤、卞守耆、赖虹凯、詹心丽、白锡能，厦门大学嘉庚学院院长王瑞芳、副院长戴一峰在主席台就座。厦门大学有关部处、学院负责人，厦门大学嘉庚学院领导、校友代表、家长代表、师生代表以及社会各界有关人士参加了庆祝大会。大会由厦门大学党委常委、漳州校区管委会主任、嘉庚学院党委常务副书记黎永强主持。

2025年6月18日，厦门大学嘉庚学院闽南文化遗产活化研究中心揭牌仪式举行。