私立厦门大学

1919年7月上旬，陈嘉庚在厦门发出《筹办福建厦门大学校附设高等师范学校通告》。1920年，校址获批。同年8月，拟订《厦门大学组织大纲》，成立董事会，推举邓萃英为厦门大学首任校长。

国立厦门大学

1937年7月1日，厦门大学改归国立。同年7月6日，国民政府教育部任命萨本栋为国立厦门大学校长。

1937年9月4日，由于日军侵犯厦门，学校迁至鼓浪屿；12月24日，开始迁移；1938年1月12日，安全抵达。1月17日，开始上课；3月10日，新学期开始注册，厦大成了最接近战区坚持办学的高校。长汀地处抗战后方，方便东南各省学生升学。江苏、浙江、上海、湖南、江西、广东等地青年学生纷纷报考厦大，辗转来长汀就学。在闽西长汀期间，师生克服重重困难，坚持教学，学校规模不断扩大。同年8月，创设土木工程系，萨本栋兼任系主任。

1940年初，国民政府教育部根据福建省教育厅的意见，将新办的福建大学并入当时搬迁至长汀的厦门大学，拟将厦门大学改名福建大学，后因师生反对交涉而作罢，厦大姓名保留。

1944年5月，萨本栋校长应美国国务院邀请赴美讲学，由理学院院长汪德耀教授担任代理校长。同年，增设航空工程系。至抗日战争胜利时，厦门大学存有文、理、法、商4个学院、15个系，学生由三百人增至千余人。

1945年9月，法国国授理学博士汪德耀教授成为厦大校长。12月，厦门大学一年级新生在厦门鼓浪屿先行上课，成为全国最早在收复的沦陷区中上课的第一批学生，厦门大学也成为全国最早在收复的沦陷区复课的一所大学。

新时代厦大

1949年10月17日，厦门解放，厦门市军管会于10月20日委派军代表吴强、肖枫接管厦门大学。

1950年1月6日，时任全国政协常委、中央人民政府委员的陈嘉庚视察厦门大学，决定继续增建教学大楼、大礼堂、师生员工宿舍。

1952年，全国高等院校进行院系大调整。厦门大学许多优势学科被调整到其他院校或组建新的高校。院系调整后，厦门大学成为当时全国14所文理综合性大学之一。

1956年10月，成立南洋研究所和华侨函授部。1958年9月，厦门大学设立中国经济问题研究所，并创办了《中国经济问题》学术刊物。研究所面对中国现实的经济问题开展研究，并面向地方，面向东南亚，对当代中国经济问题及东南沿海经济的历史和现状进行专门研究，成为中国经济史主要研究阵地之一。

1963年9月，厦门大学被国家列为直属教育部的重点综合性大学，成为当时中国26所部属重点大学之一。

1982年，厦门大学在全国率先成立了经济学院。1983年8月，福建省政府与厦门大学联合创办厦大艺术教育学院和政法学院，加快培养地方经济社会发展人才，首开地方政府与重点大学联合办学的先河。

1993年3月，厦门市委、市政府倡导成立“外经贸企业厦门大学教育发展基金会”，发动一批外经贸企业支持厦门大学办学。

21世纪的厦大

2002年，入选首批试办示范性软件学院的高等学校名单。2003年，设立嘉庚学院。2005年，厦门大学本科教学工作水平以“优秀”的成绩通过教育部评估。2006年，入选“高等学校学科创新引智计划”（国家“111计划”）首批立项名单；同年，入选国家大学生文化素质教育基地。

2007年，入选第一批实施“国家大学生创新性实验计划”的高校。2010年，学校入选“基础学科拔尖学生培养试验计划”（国家“珠峰计划”）。2011年12月，教育部、福建省政府和厦门市政府在北京签署《重点共建协议》，继续重点共建厦门大学。2012年11月，入选教育部、卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。

2013年9月，厦门大学马来西亚分校获中国教育部批准建设，开办本硕博教育，是国家重大境外办学项目建设之一，分校于2016年投入使用。同年，入选卓越工程师教育培养计划。2014年，学校牵头的两个协同创新中心入选国家“2011计划”；同年，被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。

2015年4月6日，学校厦门大学航空航天学院成立，下设航空系、机电工程系和自动化系三个系。截至2016年1月，厦大共有9个学科进入esi全球前1%，分别为化学、工程学、材料科学、临床医学、植物与动物学、环境与生态学、生物与生物化学、物理学、数学。

2017年2月，入选全国首批深化创新创业教育改革示范高校。9月，入选国家“双一流”建设高校。2018年，入选教育部首批国家级新工科研究与实践项目。4月，经国务院学位委员会批准，厦门大学成为首批获准开展学位授权自主审核单位。

2019年3月，学校整合社会学与社会工作系、人口研究所、人类学与民族学系、人类学研究所组建厦门大学社会与人类学院。12月，与英国创意艺术大学合办的“厦门大学创意与创新学院”获教育部批准设立。同年，成为“21世纪海上丝绸之路”大学联盟”、中国高校自贸区研究联盟成员。

2022年11月，厦门大学人文学院宣布撤销，将原人文学院下设的中国语言文学系、哲学系调整为学校直属教学科研单位，在原历史系的基础上成立厦门大学历史与文化遗产学院。2023年11月26日，厦门大学成立国际传播研究中心；12月1日，发起成立福建省文化和旅游研究联盟。

2024年3月，厦门大学新增运动训练本科专业；3月9日，厦门大学成立未来教育研究中心。11月25日，厦门大学海洋文化研究中心正式揭牌成立。12月13日，厦门大学-东软医疗磁共振联合研发中心签约仪式暨物理智能磁共振技术与产学医合作论坛在厦门大学思明校区举行。

2025年1月2日，厦门大学百度飞桨人工智能教育创新中心揭牌成立；1月23日，无锡高新区与厦门大学签署全面合作协议，共建厦门大学无锡研究院、无锡科技成果转化中心，设立厦门大学无锡合作基金。5月，由厦门大学牵头研制的人类免疫缺陷病毒1型尿液抗体检测试剂盒(胶体金法)获得世界卫生组织预认证，成为全球首个获得 wh◎ pq 认证的 hi 尿液自检试剂盒。