新疆八一农学院

1952年8月1日，在毛泽东主席和周恩来总理的亲切关怀下，由时任新疆军区司令员王震在原中国人民解放军第二步兵学校基础上创建了八一农学院。建校初学校隶属于新疆军区。

1954年，划归新疆生产建设兵团，1958年划归新疆维吾尔自治区人民政府。

1959年，新疆学院农林、畜牧兽医两系并入新疆八一农学院。

1979年，喀什农学院（原新疆八一农学院部分）并入新疆八一农学院。

新疆农业大学

1995年4月21日，经原国家教委批准，更名为新疆农业大学。

2006年，教育部本科教学工作水平评估优秀。同年，入选国家大学生文化素质教育基地。

2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。

2011年底，入选国家建设高水平大学公派研究生项目。

2012年，入选国家“中西部高校基础能力建设工程”高校。

2013年，入选教育部“卓越工程师教育培养计划”高校。12月，入选第二批“高等学校新农村发展研究院”。

2014年5月，成为国家林业局与新疆维吾尔自治区人民政府共建高校。9月，入选国家首批“卓越农林人才教育培养计划”改革试点高校。

2019年6月24日，新疆农业大学正式托管新疆林业学校。

2020年10月25日，新疆维吾尔自治区教育厅发布公告称，新疆农业大学科学技术学院终止办学，原学校并入新疆农业大学。

2021年1月25日，教育部同意新疆农业大学科学技术学院终止办学并入新疆农业大学。5月15日，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。6月，新疆农业大学现代马产业学院成立，“马业科学”专业开始招生。9月27日，新疆农业大学亚心校区正式揭牌启用。

2023年6月，教育部同意浙江大学等9所高校“组团式”对口支援新疆农业大学，由浙江大学担任组长单位，南京农业大学、西北农林科技大学担任副组长单位，北京林业大学、华北电力大学、河海大学、江南大学、合肥工业大学、中国海洋大学为成员单位。11月6日，新疆农业大学陆港校区实验教学楼、实验室相关工程完成现场验收。

2024年10月25日，新疆农业大学动物医学学院临床动物医学中心及第一动物医院揭牌。