市交通局机关设4个职能科（室）：

(一) 办公室

组织协议机关工作，起草重要报告、综合性文件，负责有关文秘、政务信息、机要、保密、机关安全保卫、信访、档案和机关后勤行政管理工作；负责有关重要会议的组织。

(二) 计划财务统计科

组织编制全市交通中长期发展规划；负责国家投资、省投资、省与地方联合投资以及利用外资公路、水路基础设施建设项目的有关前期工作和后期评价工作；负责交通财务管理；交通建设资金筹集工作；协调交通规费、交通费的征收使用管理；负责收费公路的行业管理；负责交通行业统计、交通系统的内部审计工作。

（三）运输安全科

贯彻执行公路和水路运输政策；负责道路、水路客货运输、装卸搬运、汽车维修市场、汽车租赁、出租汽车运输、汽车驾驶学校和驾驶员培训的行业管理；负责重点物资运输和紧急客货运输的组织协调；负责交通运价政策的拟定和运输票证管理；负责全市交通运输安全生产的管理和监督；管理公路基础设施建设市场；审查公路工程建设项目施工图设计、设计变更和工程决算；组织工程建设项目招投标的竣工验收。

(四) 人事教育法规科

负责局机关和下属单位人事管理、劳动工资、机构编制和干部、职工教育工作；负责老干管理工作；指导交通行业职工队伍建设；组织贯彻执行交通法律法规规章；指导交通系统行政执法、行政执法监督、行政复议、行政诉讼和法制建设；指导交通行业体制改革。

新余市交通战备办公室，为市国防动员委员会的办事机构。其主要职责是：制定交通战备建设规划，对地方交通、通信建设规划和交通通信设施建设提出国防要求，编制战时保障方案，并在战时组织实施。

直属机关党委。负责局机关和下属单位的党群工作，指导交通行业精神文明建设。

纪检组（监察室），为市纪委（市监察局）的派驻机构。