《新疆日报》的渊源可追溯到1915年10月创刊的《新疆公报》，1918年8月《新疆公报》改版为《天山报》，1929年又改名为《天山日报》。1935年11月，《天山日报》改名为《新疆日报》。1938年1月至1942年7月，中国共产党派出一部分干部到报社担任领导和编辑工作，使《新疆日报》在宣传中国共产党的抗日主张、新疆各族人民和全国人民团结抗日，以及反对国民党投降分裂的斗争中做出了积极贡献。

1949年9月25日，新疆和平解放。中国共产党接管了原国民党主办的《新疆日报》。我党领导的《新疆日报》1949年12月6日正式创刊时，毛泽东同志亲自为《新疆日报》题写了报名。当时，它是中共中央新疆分局的机关报。1965年10月1日，新疆维吾尔自治区成立十周年时，毛泽东同志又为已成为自治区党委机关报的《新疆日报》题写了报名。江泽民、李鹏、王震等党和国家领导人也先后分别为《新疆日报》题过词，勉励各族采编人员坚持为人民服务，为社会主义服务，努力办好《新疆日报》。

党的十一届三中全会以来，报社各项事业的发展，使报业经济有了长足的进步，而报业经济的发展又为技术设备的更新，印刷质量的提高和职工办公及生活福利条件的改善提供了有力的保证。80年代初，报社用英国蒙纳激光照排机取代了千百年来的活字排版，成为新疆维吾尔自治区第一个甩掉铅作业的印刷厂。与此同时，原来的老式铅印轮转机也换成了快速胶印轮转机。1991年5月，《新疆日报》四种文版全部实现激光照排，报纸印刷质量显著提高。6月，在建国以来首次举行的全国59家报纸印刷质量评比活动中，汉文版《新疆日报》荣获第五名。在全国30家省市自治区大报编校质量评比中荣获第三名。1999年报社又添置了较为现代化的彩色胶印设备，为出彩报创造了良好的条件。1987年报社接收新华社电稿采用微机，1995年接收新华社图片实现微机化，传输速度和传输质量都有较大提高。

2018年11月，新疆经济报社、今日新疆杂志社、天山网并入新疆日报社，组建一报、一网、一刊，即新疆日报（新疆报业传媒集团有限公司）（正厅级事业单位）。