学校前身

石河子医学院

1949年8月1日，人民解放军第一野战军解放了甘肃天水，第一兵团司令员王震指示卫生部长潘世征办学校、办医院，在天水火车西站成立了第一兵团卫生学校筹备委员会，就地开展招生组建工作。同年8月26日兰州解放，8月28日卫校师生进入兰州。9月25日，卫校师生在兰州市女子中学礼堂举行开学典礼，宣布第一兵团卫生学校正式成立。

1949年10月16日，全校师生奉命进军新疆，根据兵团指示分南北两路进疆，南路由王逐北率领二、四大队，建立了南疆医训队。北路由政委李国清率领一、三大队，与原联勤总部驻新疆卫生人员训练组46人合并，组建成立新疆军区卫生学校。

1954年10月，新疆军区生产建设兵团成立，学校更名为新疆军区生产建设兵团卫生学校。1959年12月为新疆军区生产建设兵团医学专科学校，1966年2月1日，经新疆自治区人民委员会批准，成立新疆军区生产建设兵团医学院。1968年10月29日，学校降格为新疆军区生产建设兵团后勤部卫生学校，1970年升为新疆军区生产建设兵团医学专科学校。1975年5月，学校更名为石河子医学专科学校，1978年8月，经教育部同意更名为石河子医学院。

石河子农学院

1959年11月1日，学院在石河子成立。次日正式开学上课。24日成立中国人民解放军新疆军区生产建设兵团农学院。1969年4月，兵团领导以所谓“立足于打仗的需要”，宣布撤销学院。次年学院重新组建，校名仍为新疆军区生产建设兵团农学院。1971年，学院从石河子搬迁到奎屯办学。1976年，原新疆军区生产建设兵团农学院，改名为“奎屯农学院”，由伊犁哈萨克自治州领导。1978年3月15日国家农林部科教局致电自治区文办“奎屯农学院办学条件差，有困难，建议搬回石河子校址”。同年11月奎屯农学院迁回原址。次年2月学院正式更名为新疆维吾尔自治区石河子农学院。

兵团经济专科学校

1959年冬，新疆军区生产建设兵团会计培训队在乌鲁木齐成立。1961年，会计培训队迁至石河子，更名为兵团财经训练班。次年10月，“新疆军区生产建设兵团财经干部学校”正式成立。1967年因受“文革”影响，学校迁往迁往南疆和静县的哈拉毛墩。次年8月，学校被宣布撤销。1981年新疆农垦总局决定恢复兵团财经干部学校。次年兵团恢复后，兵团党委随即宣布成立“兵团财经学校”，校址设在乌鲁木齐三坪农场，一面筹建学校，一面办培训班。1984年新校址选定与五家渠新城，开始恢复建校工作。1986年筹建、次年经国家教委批准成立了兵团经济专科学校。

兵团师范专科学校

合并组建

1996年9月11日，石河子农学院与石河子医学院、新疆建设兵团经济专科学校、新疆建设兵团师范专科学校合并组建成立石河子大学，校名由中国共产党中央委员会原总书记江泽民题写。兵团经济专科学校摘牌后被作为兵团农垦职工大学校址，挂牌“石河子大学职业技术学院”。兵团师范专科学校迁至石河子，在原校址组建了石河子大学成人教育学院奎屯分院。2000年8月，石河子大学被教育部确定为西部大开发重点建设高校，次年6月，教育部启动“对口支援西部高等教 育计划”，指定北京大学对口支援石河子大学。2004年，学校被确定为兵团和教育部共建高校，次年6月16日，新疆军区和石河子大学正式签订了为军队培养干部的协议。此后，石河子大学将成为继新疆大学之后，新疆第二所培养国防生的高校。

2008年进入国家“211工程”重点建设高校行列，两年后被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。2012年入选国家“中西部高校综合实力提升工程”重点建设高校行列；2017年入选国家“双一流”建设（一流学科）高校；次年入选教育部与新疆生产建设兵团“部省合作共建高校”。2021年1月，石河子大学科技学院整合兵团警官高等专科学校办学资源转设为新疆政法学院。次年，石河子大学入选新一轮国家“双一流”建设高校。2022年3月，共青团石河子大学委员会被中国关心下一代工作委员会办公室拟确定授予“全国青少年普法教育先进集体”称号。次年，由八师石河子市、石河子大学、中国煤科规划院共同发起设立八师石河子市能源研究中心正式揭牌。同年11月，由新疆天鹅现代农业机械装备有限公司牵头，联合石河子大学、塔里木大学、新疆农垦科学院机械装备研究所，与山东天鹅棉业机械股份有限公司等5家单位共同组建成立兵团农机装备制造业创新中心。同年12月10日，石河子大学牵头成立全国智慧能源行业产教融合共同体。2022年，入选新一轮国家“双一流”建设高校。

2025年4月8日，石河子大学与新疆慧尔农业集团股份有限公司签署战略合作框架协议。4月10日，石河子大学与英国哈德斯菲尔德大学签署合作备忘录。4月24日，昌吉国家农高区、中国农科院西部中心、石河子大学举行三方战略合作协议签约仪式。4月25日，第五师中级人民法院与石河子大学联合举办合作签约暨教学实习基地揭牌仪式。