2001年7月，辽宁中医学院杏林学院成立。

2004年3月，经中华人民共和国教育部批准，学校被设立为辽宁中医学院杏林学院（独立学院），系全日制本科高校；同年，学校被推举为全国独立学院协作会常务理事单位。

2005年，学校被推举为辽宁省独立学院协作会副理事单位单位。

2006年2月，教育部发布《关于同意辽宁中医学院更名为辽宁中医药大学的通知》；同年3月，经辽宁省教育厅审核，中华人民共和国教育部批准，学校更名为辽宁中医药大学杏林学院；同年4月，教育部发布《关于对普通高校、独立学院办学条件等有关问题核查情况的通报》，辽宁中医药大学杏林学院在列，其因自有土地或教学行政用房不达标被责令要求年度安排的招生计划数不得超过当年的毕业生数或去年的实际招生数。

2016年，学校先后承办全国独立学院第十一次峰会、第三届中德青少年足球友谊赛。

2017年，学校与法国里昂大学承办中法文化交流活动。

2018年10月，学校承办中国独立学院协作会医药院校委员会一届四次会议暨2018年年会，并当选下届“中国独立学院协作会医药院校委员会”会长单位。

2023年10月，中华人民共和国教育部发布《关于同意辽宁中医药大学杏林学院变更举办者的批复》，同意辽宁中医药大学杏林学院的举办者由“辽宁中医药大学、辽宁省血栓病中西医结合医疗中心”变更为“辽宁中医药大学、沈阳冠伊房地产开发有限公司”。