截至2025年6月，河南中医药大学有龙子湖校区、东明路校区、人民路校区、东风路校区，文化路校区共5个校区，占地面积1862亩，建筑面积97·64万㎡。

龙子湖校区

龙子湖校区位于河南省郑州市郑东新区高校园区龙子湖畔，南临金水大道，东临连霍高速，规划占地面积1309亩，实际使用面积1134亩，规划建筑面积44万平方米。

东明路校区

河南中医药大学原校区占地近200亩。2011年，河南中医药大学东迁新校区，原校址即成东明路校区。东明路校区位于河南省郑州市金水区金水路1号，占地近200亩。校区内有教学、医疗、生活三个功能区；有研究生处（部）、继续教育学院、职业技能培训中心等教学部门。

人民路校区

人民路校区即为河南中医药大学第一附属医院所在校区，位于河南省郑州市金水区人民路19号。医院始建于1953年，前身为河南省人民政府军政机关中医诊所，1959年归属河南中医学院，2016年更名为河南中医药大学第一附属医院。截至2024年4月，医院为一院三区，分别为人民路院区、郑州新区院区、龙子湖院区，人民路院区开设临床科室38个、病区55个、医技科室12个。

东风路校区

东风路校区即为河南中医药大学第二附属医院所在校区，位于河南省郑州市金水区东风路与丰庆路交汇处，占地203亩，医院开设临床医技科室53个，开放床位2300张。

文化路校区

文化路校区即为河南中医药大学第五临床医学院所在校区，位于河南省郑州市文化路与红旗路交叉口东北角，医学院涵盖了基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学三个一级学科，承担全校医学教学、科研、实验、临床实习等任务。