成立初期

几经搬迁

1959年，学校成立了中医中药研究所，同时开设中药专业，并筹办中医刊物，开展教、医、研三位一体的科研工作。整理出版了《金匮要略讲义》《河南省中医研究资料汇编》两部中医著作。此后学校几经搬迁，1963年搬迁至河南省会计学校，同年4月时任中国科学院院长郭沫若为学校书写校名；1969年，搬迁至禹州；1972年，搬迁至郑州粮食学院；两年后，搬迁至河南农学院；至1980年3月17日，经省委、省政府批准，学校告别了流离之路，建校于郑州市金水路1号（今东明校区）。

快速发展

1981年，学校被批准为全国首批硕士学位授予单位；1994年，成为全国首批招收国外留学生和港澳台学生的高校。2003年，被教育部批准为联合培养博士研究生工作单位。2012年，学校整体搬迁至郑东新区龙子湖校区；同年学校被列入国家中西部高校基础能力建设工程建设规划学校，并成为“国家中西部高等教育振兴计划”高校。2013年被国务院学位委员会批准为博士学位授予单位，并于翌年开始招收博士研究生。

2015年，学校被命名为第一批“河南省中医药文化宣传教育基地”和“全国中医药文化宣传教育基地”。2016年3月10日，河南中医学院正式更名为河南中医药大学，同时在郑州龙子湖校区举行新校牌揭牌仪式。2017年经教育部批准，增补为“5+3”一体化招生院校。2019年，获批“河南省中小学社会实践教育基地”。2020年，获批河南省及全国“中华优秀传统文化传承基地”；同年10月，河南中医药大学第五临床医学院、人民医院、文化路校区揭牌仪式在文化路校区医学教育中心广场举行；11月，入选河南省特色骨干大学建设高校名单。

2022年2月，河南中医药大学第一附属医院商丘医院签约揭牌仪式在市中医院举行；同年9月，河南中医药大学附属商丘市中医院揭牌仪式在商丘举行；10月，河南中医药大学管理科大联合学院揭牌仪式暨首届新生入学典礼在龙子湖校区举行。2023年1月31日，河南中医药大学附属三门峡市中医院揭牌仪式举行。

2024年10月20日，河南中医药大学中医药产教融合产业联盟成立。