背景

19世纪后期，外国教会在中国各地陆续办起医院，西方医学开始传入中国。1904年7月8日，在中国行医的英国人科龄针对当时落后的医疗现状倡议在北京建立一所高等西医学院——北京协和医学堂，当即得到清政府和慈禧太后的支持。英国伦敦会与英美其他五个教会合作将科龄所筹款项在北京东单牌楼北石牌坊右边建造了一座西式教学大楼，并于1906年在此开办了协和医学堂（union medical college）。协和医学堂成为由英美教会在中国合办的第一所医学院校，也是北京协和医学院 （peaking union medical college）的前身。医学堂因名为union， 即联合之意，被翻译成“协和”，这就是北京协和医学院的前身以及名称来源。

19世纪末期，美国石油大王约翰·洛克菲勒决定将部分巨额财产用于全球慈善事业。洛克菲勒先后三次派出了由时任约翰 · 霍普金斯医学院院长韦尔奇、洛氏医学研究所所长 阿 · 富列斯内等美国顶级学者组成的专家团来华考察，认定“西方能给中国的大礼就是科学化的医药和外科手术”。1913年，洛克菲勒成立基金会，资助中国的医学教育，决定在中国的北京建一所高水平的医学院。

协和医学堂的医生医术精湛，治学严谨，很快博取了各国驻京人士 以及清政府的信任，但同时也陷入经费拮据的困难处境，并在1915年，到了难以维持要被迫变卖所有权的地步。这正好给了洛克菲勒一个难得的机会。1915年6月，美国洛克菲勒基金会收购了北京协和医学堂的全部财产，包括附属医院。7月，美国洛克菲勒基金会下属“中华医学基金会” (china medical board) 正式接管北京协和医学堂，并沿用 “协和”这个名称，叫“北京协和医学院” (peking union medical college， pumc) 。

1916年，协和医学院在纽约正式注册，这就意味着协和的毕业生就能同时获得纽约州立大学的医学博士学位。而年仅28岁的麦克林成为协和医学院第一任校长。同年7月，洛克菲勒斥资24万银圆，购下了清朝“八大铁帽子王”之一的豫亲王府，计划其原址上建造了一片具有东方艺术特色的建筑群，扩大北京协和医学院的规模。

1917年，协和医学院正式创立。同年9月24日，协和医学院在豫王府举行奠基仪式，因为洛克菲勒靠石油发家，豫王府当时被打趣为“油王府”。美国建筑设计师查尔斯·柯立芝负责协和医学院的设计，他立志要设计一座风格别具、中西合璧的校园。柯立芝也是哈佛医学院和洛克菲勒大学的设计师。协和建筑群落成时共有14座楼，室内配件大多是从美国运来的，耗资750万美元。

1919年10月，协和医学院开办医学本科，学制为八年制，是中国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的医学院校，被誉为中国医学殿堂 。当时协和计划每年级学生人数为30人，课堂和实验室按此规模设计，医院则按250张床位设计。

医院建立初期

1921年6月24日，北京协和医院建成并开始收治病人，协和从此医、教、研三位一体。建院之初，就志在“建成亚洲最好的医学中心”。同年9月16日，北京协和医院举办了开幕典礼，来自世界各国的上百名学界精英与各界名流共同见证了一家现代医学院的诞生。协和医院是中国最早承担外宾医疗任务的单位，医院专门设立外宾和高干门诊部，开设专门的高干、外宾、特需病区。

第一次停办

1937年卢沟桥事变后，日军开进北京城。鉴于有可能出现的危险，协和董事会讨论，是否要像北大、清华一样，将协和的工作人员转移到中国西南地区。由于担心日本人可能趁机将日本医生安插进协和的重要岗位，董事会最终反对南迁计划。当时，尽管日军侵占华北，但日美之间尚未开战，日军对美国人及其产业还是有些忌惮。

收归国有

1945年9月15日，协和医学院校产从日军手中收回。

1947年1月抗战胜利后，洛克菲勒基金会拨款1000万美元给其下属机构“洛氏驻华医社”，用以资助北京协和医学院办学，这也是美国给予中国的最后一笔资助。至此，洛克菲勒家族对协和总投资额高达4460万美元。同年3月12日，董事会任命李宗恩为新院长。10月27日，协和医学院恢复办学。

1948年5月，协和医院复院后正式开始收治病人。林巧稚也在当时回到协和妇产科。同年秋天，张孝骞从湘雅重返协和，担任协和医院的内科主任。当时内科只剩下了15张病床，张孝骞到库房里寻觅，把已经拆散了的仪器拼凑起来继续使用。当时学校的最高领导仍然是中华医学基金会，直接掌管协和的经费、财产和人事权力。1949年至1950年度，该基金会年度拨款为60万美元，其中协和医院占了12万美元。

1951年1月20日，中央人民政府卫生部接管私立北平协和医院。同时，中国医院与协和医院合并，定名为“北京协和医院”。1953年，协和医学院因教学任务变更为干部专科进修，协和医院第二次停办。

据1956年统计，洛克菲勒基金会为打造北京协和医学院及协和医院的总计投入超过了4800万美元。这也是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目最大、时间延续最长的慈善援助项目1957年，协和医学院与中国医学科学院(1956年前为中央卫生研究院，即新中国成立前的中央卫生实验院)合并。1959年，协和再度复校，命名为“中国医科大学”，仍合并于中国医学科学院。

再次停办

1965年6月26日，毛泽东针对农村医疗卫生的落后面貌，指示卫生部“把医疗卫生工作的重点放到农村去”，解决长期以来农村一无医二无药的困境。在毛泽东看来：“医学教育学三年就够了，主要在实践中学习提高。”1966年“文革”爆发，协和再次遭受重创，其名称也被改为“反帝医院”。协和医院第三次停办。

“文革”时期，“砸烂旧协和”的口号叫得很响。协和是全国唯一实行八年制教育的，“造反派”却认为，毛主席说了“医学教育三年就够了”，协和搞“八年制”是在走修正主义路线，要打倒“修正主义知识分子”。

1971年，时任美国国务卿基辛格为时任总统尼克松访华做前期准备来访，随行的《纽约时报》副社长因急症紧急送到协和，经吴蔚然、曾宪九、朱预等手术后康复出院。协和的出色表现受到时任总理周恩来的表扬。

“文革”后期，协和此前上山下乡或疏散各地的师生逐渐“回炉”，开始了新的补课学习和医学科研。这一举措抢救了很多人才，协和后来的医生，其中不少便是当年“回炉”后培养的学生。

回到正轨

1979年中美建交后，协和与“洛氏驻华医社”中断近30年的联系得以重新建立，美方随即拨给协和155万美元，用于建筑修复和设备添置。协和医院各项工作回到正轨。

1991年，在中国首次进行的医院等级评审中，北京协和医院以最高分通过评审，成为中国首批三级甲等医院。

2003年，在抗击非典重大战役中，协和医院开设四个病区，一千余名医护人员参与一线救治，中国用于非典疫苗研制唯一合格的sars病毒株由协和人亲手采集，被命名为“pumc”病毒株。

2006年7月28日，协和医院被中国奥委会定为“国家队运动员医疗服务指定医院”。

2008年奥运会期间，协和医院被指定为奥运医疗定点医院。医院派遣128名业务骨干奔赴6大现场，上百位专家坐镇奥运病房，通过多科协作，成功抢救美国刀扎伤游客，为降低突发事件的影响作出贡献。

2010年，协和医院日门诊人次突破1万人。

2011年10月29日，洛克菲勒基金会主席 david rockefeller，jr（已故david rockefeller之子）携夫人及美国中华医学基金会（cmb）北京办公室负责人等来北京协和医院参观访问。 david rockefeller，jr表示，希望协和与洛氏基金会继续在科研、医疗服务、人员交流等多个领域开展更为广泛的合作。

2012年9月28日，北京协和医院新门诊楼正式启用，一个楼内收纳全部门诊功能，患者“足不出户”就可完成所有就诊流程。随后急诊楼、外科楼相继启用，协和医疗服务再次升级。

2015年8月，协和医院牵头执行中组部、人社部和国家卫生健康委组织的“组团式”医疗援藏任务，选派业务骨干赴西藏自治区人民医院开展“造血式”医疗帮扶。同年10月31日，在2015协和住院医师培训国际论坛暨第五届西湖论坛上，由北京协和医院牵头，联合中国一流教学医院共同成立“中国住院医师培训精英教学医院联盟”。

2016年5月25日，北京协和医院临床医学博士后项目正式启动，是协和恢复小规模“医学精英”教育、创建适合中国国情并与国际接轨的高端医学人才培养模式上迈出的重要一步。同年9月10日，cmb北京代表处北京协和医院新址落成并投入使用。新址落成标志着协和与cmb百年友谊与合作的延续。

2017年6月8日，北京协和医院转化医学楼开工仪式在老门诊楼旧址上举行。该项目将建成五大核心系统、十五个平台。同年11月，受国家卫生计生委派遣，由协和专家带队的“中国—老挝眼科光明行”医疗队赴老挝首都万象开展白内障手术。

2018年10月24日，由协和医院牵头的“中国罕见病联盟”成立，时任院长赵玉沛担任联盟理事长。联盟旨在整合中国罕见病防治资源，提高罕见病诊疗水平。同年12月4日，协和医院被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。同年12月21日，协和医院举办“以人民为中心，一切为了患者”主题活动暨百年协和倒计时1000天启动仪式，面向协和未来发展，时任院长赵玉沛在讲话中提出建设“六大体系”的“规划图”。

2019年2月28日，北京协和医院建立起中国首个国家级罕见病会诊平台——协和罕见病多学科会诊（mdt）。

持续发展

2020年4月，北京协和医院被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。

2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。

2023年12月，由北京协和医院与网易传媒共同研发的国际首个多模态ai癫痫样放电检测系统vepispy正式亮相第二十六届全国神经病学学术大会，并在北京协和医院、北京天坛医院、山东大学附属儿童医院等全国多家顶级三甲医院展开了临床试用。

2024年1月8日，国家卫生健康委公布的2022年度全国三级公立医院绩效考核结果，北京协和医院再度蝉联榜首。北京协和医院在26项重点监测指标中取得16项指标满分，占比达62%。满意度指标中，门诊患者、住院患者、医务人员满意度均为满分。2月29日，北京协和医院成立罕见病诊疗创新发展研究院，并启用中国首个独立成科的罕见病医学科专科病房。同年4月18日，北京协和医院健康医学部检后门诊正式开诊，该门诊由专科医生出诊，为体检客户提供查体后的报告解读、复检预约、治疗建议等服务。12月29日，由中国肥胖联盟、广东省21世纪教育基金会主办的标准化体重管理中心建设项目在中国医学科学院北京协和医院正式落地。2024年北京协和医院预算收入112亿元。

2025年3月12日，北京协和医院体重管理联合门诊开诊。同年4月，托克托县医共体总医院与北京协和医院成功签订了远程会诊医学合作协议。4月，咸阳市第一人民医院与北京协和医院在京签署“互联网＋医联体”帮扶协议。