西藏出入境边防检查总站前身为西藏自治区公安边防总队，又名武警西藏边防总队，自1996年恢复建制，独立遂行任务的22年来，先后有35个集体、49名个人荣获省部级以上荣誉表彰，并涌现出12名一等功臣，92名二等功臣，为维护西藏边境地区持续安全稳定和边民群众安居乐业作出了突出贡献。

2018年3月，按照机构改革方案，公安边防部队将不再列武警部队序列，全部退出现役。

2018年12月25日，西藏自治区公安边防总队全体官兵集体退出现役，部队成建制划转国家移民管理机构，现役编制全部转为人民警察编制。